Ambos são iterativos e incrementais, mas aplicam essas características de maneiras diferentes. O FDD segue cinco atividades principais: desenvolvimento do modelo geral, construção da lista de funcionalidades, planejamento por funcionalidade, projeto por funcionalidade e construção por funcionalidade. O RUP, por sua vez, é dividido em quatro fases principais: iniciação, elaboração, construção e transição, cada uma com iterações que cobrem diversas disciplinas, como modelagem de negócios, requisitos, análise e design, implementação, teste e implantação.
A documentação no FDD é menos formal e extensa, com foco na entrega de funcionalidades funcionais. A modelagem usa UML de forma leve para suportar essas entregas. O RUP, em contrapartida, possui documentação extensa e detalhada, cobrindo todos os aspectos do desenvolvimento. A modelagem utiliza UML extensivamente, promovendo uma compreensão detalhada e controlada do sistema.
O envolvimento do cliente é alto no FDD, com feedback contínuo e entrega frequente de funcionalidades utilizáveis. No RUP, o envolvimento do cliente varia conforme a fase do projeto, sendo mais estruturado, com feedback nas revisões de iteração e marcos principais.
A gestão de projetos no FDD é baseada em funcionalidades específicas, priorizadas e desenvolvidas iterativamente, sendo melhor para projetos de médio porte com equipes distribuídas. No RUP, a gestão é baseada em fases e disciplinas específicas, focando na gestão de riscos e qualidade, sendo adequado para projetos de grande porte e complexos, com uma estrutura que suporta a coordenação de grandes equipes.