Los síntomas iniciales de la EVE son inespecíficos y coinciden con los de otras enfermedades, como malaria, gripe, diarrea del viajero, fiebre tifoidea o meningitis. Entre las denominadas fiebres hemorrágicas, cabría diferenciar de fiebre amarilla, fiebre de Lassa, fiebre del Valle del Rift y Marburg.