Por outro lado, o início de um projeto FDD pode ser complexo, exigindo um planejamento detalhado e a definição de todas as funcionalidades antes de iniciar o desenvolvimento. Pode haver um risco de focar demais em pequenas funcionalidades e perder a visão do produto como um todo, o que pode resultar em uma integração menos coesa. O FDD depende de requisitos bem definidos desde o início. Se os requisitos não forem claros ou estiverem em constante mudança, a metodologia pode não ser tão eficaz. Implementar o FDD pode exigir uma curva de aprendizado significativa para equipes que não estão familiarizadas com a metodologia, necessitando de treinamento e adaptação. Integrar o FDD com outras metodologias ágeis pode ser desafiador, especialmente em ambientes onde várias práticas ágeis estão sendo utilizadas simultaneamente. Além disso, o FDD define papéis específicos como Gerente de Projetos, Modelador Chefe e Proprietário da Função, o que pode ser difícil de implementar em equipes menores ou menos estruturadas.