Стрессовые факторы, такие как, например, табачный дым, могут воздействовать на клетки слизистых и опосредовать пост-трансляционную модификацию аминокислоты аргинин в цитруллин в ряде белков, в том числе внутриклеточных (таких как гистоны) и матриксных белках (фибронектин, коллаген, энолаза, виментин, фибрин, филлагрин, кератин, 14-3-3η)
Цитруллинизация происходит за счёт активации фермента пептидил аргинин дезаминаза. Этот фермент также может быть активирован за счёт микрофлоры (например, это доказано в случае P. Gingivalis при пародонтозе). Другой микроорганизм, A.Actinomycetemcomitans, активирует цитрулинизацию за счёт выработки токсина, способствующего захвату кальция макрофагами.
Вслед за цитруллинизацией и другими пост-трансляционными модификациями эти поврежденные пептиды связываются с MHC и презентируются Т-клеткам, которые стимулируют B-клетки для выработки ауто-АТ
Наличия ауто-АТ недостаточно для развития синовита. Необходимы, чтобы были задействованы дополнительные механизмы, такие как формирование иммунных комплексов, активация комплимента и микрососудистое повреждение, которые приводят к повышению сосудистой проницаемости и инфильтрации синовиальной оболочки воспалительными клетками.