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ALLINEAMENTO STRUTTURALE - Coggle Diagram
ALLINEAMENTO
STRUTTURALE
si valuta se le posizioni di atomi corrispondenti nello spazio delle due strutture variano o meno
confrontando strutture sperimentali fra loro per
identificare relazioni di tipo evolutivo
la struttura 3d si differenzia meno rapidamente che la sequenza
cercare se si sono mantenute sottostrutture
motivi strutturali
motivi funzionali
classify- clustering
model binding
si può analizzare una proteina con se stessa, per vedere se un cofattore può variare la proteina stessa
APPROCCI
1 to 1
Many to Many
identificare famiglie strutturali
Procedimento
definisco relazioni tra atomi che costituiscono la mia molecola di interesse
devo decidere se confrontare tutta la struttura o solo una parte
criteri per scegliere quali atomi usare per fare il confronto
devo decidere se tenere conto della mobilità di alcune parti della struttura o meno
Sovrapposizione
attraverso traslazione e rotazioni in modo da ottimizzare la sovrapposizione
parametro da ottimizzare: RMSD
minimo quanto più gli atomi tra le due sovrapposte siano vicini tra loro
rmsd=0 strutture identiche
rmsd(1-3 armstrong) strutture similari
3 strutture dissimili
RMS(A,B)= sqrt(1/N sum(d(ai,bi)^2))
d(a,b)=sqrt((xa-xb)^2+(ya-yb)^2+(za-zb)^2)
algoritmo cerca di determinare la rototraslazione
che fa trovare l'rmsd minimo
NB
non soddisfa prop transitiva
non è una metrica
si escludono gli idrogeni ed usualmente anche l'ossigeno
(i software spesso guardano solo c alpha)
GDT_TS
distance based measure
[Ncalpha(1 armstrong)+Ncalpha(2 armstrong)+Ncalpha(3armstrong)+Ncalpha(4armstrong)]/4
VALUTAZIONE
rmsd
controllo side chain
parametri più fini
allineamento siti funzionali