Um elemento chave foi a Emergência Malaia a partir de 1948, conflito contra o Partido Comunista Malaio, visto que impedir a tomada de poder pelos comunistas se
tornou uma das principais preocupações dos ingleses (HACK, 1999; JONES, 2001). Os comunistas reivindicavam ser a única força realmente anti-colonial na Malaia (PENG, 2003) // No período de quatro anos que se seguem, a República teve de enfrentar duas grandes ações militares dos holandeses (em julho de 1947 e em dezembro de 1948), dois levantes comunistas (em 1946, pelo movimento trotskista de Tan Malaka; e, em 1948, pelo próprio Partido Comunista), e um levante islamista (em 1948 pelo Darul Islam) (PITT, 2014, p. 34). Qualquer tipo de centralização política na Indonésia passaria necessariamente pela retomada da autoridade sobre a totalidade do arquipélago, fator crítico que dificultaria a coesão política.“É o povo que luta, não só os exércitos. É o povo que declara a guerra, determina a paz e cria suas forças armadas. Os líderes militares devem sempre se lembrar disto: eles são como as pontas-de-lança do povo e são dirigidos pelo povo. É por isso que o exército é hoje um exército do povo e não mais uma entidade separada”. (NASUTION, 1965, p. 13)