SBPI hanya menetapkan satu aliran pengajian di sesebuah sekolahnya . Melalui konsep SBPI ini , ia memberi peluang kepada para pelajar untuk memilih aliran pengajian yang diminati sama ada aliran Sains Tulen , Teknikal atau Agama di dalam satu sekolah . SBPI peringkat menengah atas menawarkan konsep penggabungan tiga aliran pengajian di dalam satu sekolah meliputi aliran Sains Tulen , aliran Teknikal dan aliran Sains Tulen Agama . Di peringkat menengah rendah pula , para pelajar dikehendaki mengambil kesemua mata pelajaran teras termasuk Bahasa Arab Komunikasi. Para pelajar juga dikehendaki memilih mata pelajaran asing sama ada Bahasa Jepun , Bahasa Perancis , Bahasa Jerman dan Bahasa Mandarin.