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Coordinate Atomiche - Coggle Diagram

- - - - valore 1 se la distanza è sotto una certa soglia,
        0 altrimenti
      - si usano solo i c-alpha del beckmond della proteina
      - consentivano rappresentazione semplice e intuitiva
      - alla base di predizioni strutturali odierne
- - - - quelli che ci interessano per la predizione strutturale
  - - - How much must certain pairs of amino acids be togheter?
        quanto il sito i determina il sito j e viceversa?
        
        I_is =sum sum p_ij,XY ln (p_ij,XY/p_i,X p_i,Y)
    - - Un modello a 2 variabili solo per le posizioni i e j, che presenta le statistiche corrette dell'occupazione amminoacidica delle singole posizioni e la costante di accoppiamento eij(Ai, Aj) nel mezzo.
      - funziona meglio tra due proteine diverse
      - verde=bad rosso= good
  - - - p(x1,x2) = 1/Z exp (sum vi(xi) + sum wij(xij)
- - - - 2 moduli
        
        input=allineamento multiplo
        output= rappresentazione dei contatti
        
        input= output1
        output= modello tridimensionale
    - - Confidence Metrics
        
        da 0 a 100
        per decidere quale local features sono poveramente modellate
        
        più alta è meglio è
      - pAE
        
        da 0 a 30
        quanto affidabile è la distanza tra due amminoacidi
        
        più bassa meglio è