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Caratterizzazione Strutturale Sperimentale - Coggle Diagram
Caratterizzazione
Strutturale Sperimentale
3 tecniche sperimentali
Spettroscopia NMR
espongo campione ad un campo negativo molto intenso
onde magnetiche molto forti
(onde radio)
provette lunghe con diametro dell'ordine del mm,
volume max 500 ml
soluzione acquosa
osservo principalmente segnali atomi di idrogeno
purtroppo sovrapposti uno all'altro
(tanti atomi, dispersione molto modesta)
ci sono tecniche che distribuiscono questi segnali per osservarli meglio
posso misurare distanze tra coppie di atomi di idrogeno
errore molto alto (4+-1,5)
modelli molto approssimati
Microscopia elettronica
produce dati paragonabili alle altre due tecniche
in crescita nell'ultimo periodo
Cristallografia raggi X
fascio raggi X
su un campione solido cristallino
attraverso il pattern spettroscopio
si può comprendere la posizione degli atomi
CRISTALLIZZAZIONE
per evaporazione del solvente
cristallo: ripetizione infinita
di una unità fondamentale
usually < 10 mm^3
devono avere un alto contenuto di acqua (70%) ma essere solidi a temperatura ambiente
varie forme, da cubi ad aghi
Scattering raggi X
dovuto dagli elettroni
solo una frazione dei raggi incidenti
viene diffratta
sovrapposizione effetti diffrazione di tanti atomi contemporaneamente
interferenza costruttiva sotto certi angoli,
perdita del segnale sotto altri angoli
APPARATO DI DIFFRAZIONE
Laboratorio
fonte di raggi X collimati con specchi specifici, per colpire il cristallo nel Goniometro (ruota il cristallo)
Sincrotrone
grande anello dove vengono fatte accelerare elettroni (1/10 c)
campi magnetici oscillanti
si crea fascio di raggi X usati per la diffrazione
RISOLUZIONE
complessiva
meno armstrong maggiore risoluzione
(<1,5 A considerati buoni)
gli elementi ai bordi sono quelli + informativi sui dettagli fini della struttura
densità eletronica
dalla densità elettronica determino
la probabile posizione degli atomi
la densità elettronica cambia se si è in struttura interna o esterna
se c'è densità elettronica non giustificata dalla posizione degli atomi: altre molecole legate alla proteina
utilizzato per trovare composti che possono legarsi al mio target
locale
fattore B di temperatura
dice atomo per atomo quanto la posizione di questo atomo sia affidabile
(misura qualità fit- parametro qualitativo)
utilizzo raggi x perchè hanno lambda dell'ordine della distanza tra gli oggetti (10^-10m)