APMM mempunyai 10 pejabat Negeri maritim iaitu di Perlis dan Kedah, Perak dan Pulau Pinang, Pahang, Terengganu, Kelantan, Selangor, Johor, Melaka dan Negeri Sembilan, Sarawak dan Sabah. APMM juga mempunyai pejabat daerah dan pangkalan-pangkalan di lokasi tertentu di seluruh persisiran pantai Malaysia.