Ockeghem non fu un compositore prolifico, data la durata della sua carriera e la portata della sua reputazione, e parte della sua opera andò perduta. Molte opere precedentemente attribuite a lui si presume ora siano di altri compositori; La produzione totale di Ockeghem di composizioni attribuite in modo affidabile, come per molti dei compositori più famosi dell'epoca (come Josquin), si è ridotta con il tempo. Le opere sopravvissute attribuite in modo affidabile includono circa 14 messe (incluso un Requiem ), un Credo isolato ( Credo sine nomine ), cinque mottetti , un mottetto-chanson (una deplorazione sulla morte di Binchois) e 21 chanson . Tredici messe di Ockeghem sono conservate nel codice Chigi , un manoscritto fiammingo risalente al 1500 circa. La sua Missa pro Defunctis è la prima messa da Requiem polifonica sopravvissuta (una forse precedente impostazione di Dufay è andata perduta). Alcune delle sue opere, insieme a composizioni di suoi contemporanei, sono incluse nell'Harmonice musices odhecaton (1501) di Petrucci , la prima raccolta di musica pubblicata con caratteri mobili.