La versione 4.01, pubblicata il 24 dicembre 1999 e penultima versione ufficiale, costituisce il frutto dei diversi ampliamenti e miglioramenti del decennio precedente, in particolare nella separazione del livello di formattazione, cioè quella che descrive gli aspetti grafici del documento, in un'entità separata dall'HTML, i fogli di stile a cascata (CSS), definiti nello stesso anno nella loro prima versione.