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METODI E TECNICHE DI MICROBIOLOGIA - Coggle Diagram
METODI E TECNICHE DI MICROBIOLOGIA
SEPSI
LA MAGGIOR PARTE DEI MICRORGANISMI PUO' CAUSARE SEPSI, INCLUSI BATTERI, FUNGHI, VIRUS E PARASSITI
TUTTAVIA LA SEPSI SI PRESENTA SPESSO COME IL DETERIORAMENTO CLINICO DI INFEZIONI COMUNI E PREVEDIBILI
COME QUELLE DEL TRATTO RESPIRATORIO, GASTROINTESTINALE E URINARIO, O DI FERITE E PELLE
E' IMPORTANTE AVERE UNA DIAGNOSI RAPIDA
CHE PERMETTA AL CLINICO DI SOMMINISTRARE UNA ADEGUATA TERAPIA NEL + BREVE TEMPO POSSIBILE
SPESSO SOTTO DIAGNOSTICA IN UNA FASE PRECOCE
-QUANDO E' ANCORA POTENZIALMENTE REVERSIBILE
INOLTRE DALLA META' DEGLI ANNI '90 SI OSSERVO' UN NOTEVOLE INCREMENTO NEL NUMERO DI CASI DI SEPSI AD AZIOLOGIA FUNGINA
PERCHE' BISOGNA INTERVENIRE RAPIDAMENTE
LE PROBABILITA' DI SOPRAVVIVENZA SONO VICINE ALL'80%,
SI RIDUCE DEL 7,6% X OGNI ORA CHE PASSA
SE UN PAZIENTE RICEVE UN TRATTAMENTO ANTIMICROBICO INIZIALE INAPPROPRIATO, HA LA PROBABILITA' 5 VOLTE INFERIORE DI SOPRAVVIVERE
SHOCK SETTICO: PROBABILITA' DI DECESSO AUMENTA 1-2 VOLTE X OGNI GIORNO DI RITARDO DELLA TERAPIA MIRATA
FINO ALLA META' DEGLI ANNI '80 I PRINCIPALI AGENTI EZIOLOGICI DELLA SEPSI ERANO RAPPRESENTATI DAI BATTERI GRAM-
MA IN SEGUITO I BATTERI GRAM+ HANNO OCCUPATO IL LORO POSTO.
E' STATA RECENTEMENTE RIDEFINITA COME UNA DISFUNZIONE D'ORGANO PERICOLOSA X LA VITA
CAUSATA DA UNA RISPOSTA SREGOLATA DELL'OSPITE ALLE INFEZIONI
LA SEPSI E' UN'INFEZIONE SISTEMICA CARATTERIZZATA DALLA PRESENZA DI BATTERI NEL TORRENTE CIRCOLATORIO
E ATTUALMENTE E' UNA PATOLOGIA CON UN'INCIDENZA IN CONTINUO AUMENTO E UN CONSEGUENTE TASSO DI MORTALITA' (MORTE OGNI 3-4 SECONDI DI SEPSI NEL MONDO)
IL
TAT
(TURNAROUND TIME) E' L'INTERVALLO DI TEMPO FRA L'ACCETTAZIONE DEL CAMPIONE E LA FIRMA DEL REFERTO (DEFINIZIONE DI LABORATORIO)
E' L'INTERVALLO DI TEMPO FRA LA DECISIONE DEL CLINICO DI RICHIEDERE UN ACCERTAMENTO DI LABORATORIO E LA RICEZIONE DEL SUO RISULTATO (DEF. CLASSICA)
INDAGINI DI LABORATORIO: VELOCI, ALTO VALORE PREDITTIVO, OTTIMIZZAZIONE DELLA TERAPIA ANTIBIOTICA
LA DIAGNOSTICA DI LABORATORIO SI AVVALE DI NUMEROSI STRUMENTI: SEMINATORE AUTOMATICO WASP, SPETTROMETRIA DI MASSA MALDI-TOF, FILMARRAY, TEST RAPIDI IMMUNOCROMATOGRAFICI, VITEK (PANNELLI MICRODILUIZONE)
LA DIAGNOSI DI SEPSI VIENE STABILITA IN BASE AI SINTOMI E AI SEGNI CLINICI DEL PAZIENTE ABBINATI AD ESAMI RADIOLOGICI E DI LABORATORIO
COME LA RICERCA DI BIOMARKERS E L'IDENTIFICAZIONE DEL MICROORGANISMO RESPONSABILE DELL'INFEZIONE
IL SITO DI INFEZIONE E IL MICROORGANISMO PATOGENO SONO QUASI SEMPRE SCONOSCIUTI ALL'INIZIO DELLA SEPSI, QUINDI E' IMPORTANTE PRIMA DELL'ASSUNZIONE DELL'ANTIBIOTICO,
OTTENERE ADEGUATI CAMPIONI X L'EMOCOLTURA
EMOCOLTURA
UN ALTRO LIMITE E' CHE NEL 50% DEI CASI L'EMOCOLTURA RISULTA NEGATIVA ANCHE SE LA DIAGNOSI DI SEPSI E' CERTA
LA PROCEDURA TRADIZIONALE DI LABORATORIO, A PARTIRE DA EMOCOLTURE POSITIVE,
HA COME
LIMITE
PRINCIPALE LA LUNGA TEMPISTICA NECESSARIA AL SUO COMPLETAMENTO (24-48 ORE)
ELEMENTI FONDAMENTALI X UNA DIAGNOSI RAPIDA SONO:
MODALITA' DI PRELIEVO NELLA FASE PREANALITICA / N. DEI CAMPIONI DI EMOCOLTURA / CONSEGNA RAPIDA DEI FLACONI DI EMO AL LABORATORIO / TAT / INDAGINE DIAGNOSTICA
3 PRINCIPALI OBIETTIVI:
CONFERMARE L'EZIOLOGIA INFETTIVA / IDENTIFICARE L'AGENTE EZIOLOGICO / GUIDA ALLA TERAPIA ANTIMICROBICA
TECNOLOCIA MALDI-TOF
E' POSSIBILE COSI' OTTENERE UN'IDENTIFICAZIONE RAPIDA (3-4 MIN) DIRETTAMENTE DAI FLACONI DELLE EMOCOLTURE POSITIVE
PERMETTE UN'IMPORTANTE ANTICIPAZIONE NELL'IDENTIFICAZIONE BATTERICA CON LIVELLI DI ACCURATEZZA ADEGUATI
VANTAGGI: RIDUZIONE NEI TEMPI DI RISPOSTA IN QUANTO, DAL MOMENTO CHE L'EMOCOLTURA DIVENTA POSITIVA E DOPO UN BREVE TRATTAMENTO DEL CAMPIONE, E' POSSIBILE IDENTIFICARE IL PATOGENO SENZA ATTENDERE LA CRESCITA SU TERRENI SOLIDI
CONSENTE DI IDENTIFICARE I MICRORGANISMI IN POCHI MINUTI TRAMITE LA IONIZZAZIONE DI PROTEINE RIBOSOMIALI ESPRESSE IN ABBONDANZA NELLE CELLULE BATTERICHE
LIMITI: INCAPACITA' DI FORNIRE INFORMAZIONI SULLA SENSIBILITA' AGLI ANTIBIOTICI, MA CAPACITA' DI IDENTIFICARE RAPIDAMENTE LE SPECIE BATTERICHE E BASSO COSTO DEI REATTIVI
PROCEDURE DI ANALISI:
METODO TRADIZIONALE: SUB-CULTURA DEI FLACONI POSITIVI, SEMINA SU TERRENO DI CRESCITA, VETRINO CON COLORAZIONE DI GRAM, ESAME MISCOSCOPICO, IDENTIFICAZIONE E ANTIBIOGRAMMA DA COLONIE ISOLATE SU TERRENO AGAR
METODO DIRETTO: ID DIRETTA DA SANGUE CON SPETTROMETRO DI MASSA, ANTIBIOGRAMMA DIRETTO DA FLACONE, RICERCA DEI GENI DI RESISTENZA, RICERCA DEGLI ENZIMI DI RESISTENZA
E' IL GOLD STANDARD X LA DIAGNOSI DI BATTERIEMIA O SEPSI
CON LO SCOPO DI INDIVIDUARE LA PRESENZA DI MICRORGANISMI, CHE SUPERATE LE BARRIERE DELL'OSPITE,
SI RIVERSANO NEL TORRENTE CIRCOLATORIO CAUSANDO QUADRI CLINICI SEVERI
DIAGNOSTICA MOLECOLARE
FILMARRRAY
E' UNA METODOLOGIA ESTREMAMENTE SENSIBILE IN GRADO DI FORNIRE I RISULTATI UN'ORA DOPO L'AVVENUTA POSITIVIZZAZIONE DELL'EMOCOLTURA NELL'INCUBATORE
VANTAGGI:
IMMEDIATA TERAPIA ANTIBIOTICA, EFFICACE, MINOR RISCHIO DI SVILUPPO CEPPI MULTIRESISTENTI, IDENTIFICAZIONE RAPIDA DELL'AGENTE EZIOLOGICO DI SEPSI
IL FILMARRAY BLOOD CULTURE ID (BCID) E' UNA PIATTAFORMA DIAGNOSTICA INTEGRATA CHE UTILIZZA UN PROTOCOLLO DI NESTED MULTIPLEX PCR (nmPCR)
X IDENTIFICARE 20 TARGETS BATTERICI, QUINDI E' IN GRADO DI IDENTIFICARE L'AGENTE EZIOLOGICO DI SEPSI
SI LIMITANO
A RICONOSCERE I MICRORGANISMI PRESENTI NEL LORO PANNELLLO DI IDENTIFICATIVI
MODELLO CHE SI SEGUE: LISI BATTERICA E/O FUNGINA, ESTRAZIONE DEGLI ACIDI NUCLEICI, PURIFICAZIONE E L'AMPLIFICAZINE MEDIANTE PCR SEGUITA DAL RILEVAMENTO E IDENTIFICAZIONE DEL PATOGENO
NUOVO SISTEMA AUTOMATIZZATO BacT/ ALERT VIRTUO
INTRODOTTO X RISOLVERE CRITICITA' E MIGLIORARE IL FLUSSO DI LAVORO DELLA DIAGNOTICA DELLE EMO.
MAGGIORE FUNZIONALITA' NELLA FASE PREANALITICA, CAPACITA' DI INDIVIDUARE + RAPIDAMENTE I PATOGENI DELLE INFEZIONI DEL SANGUE, RIDURRE SIA IL TAT CHE I TEMPI DI INCUBAZIONE DELLE EMO X SOSPETTO CLINICO DI SEPSI
IL METODO MOLECOLARE IDEALE E' UN METODO CHE POSSA ANALIZZARE DIRETTAMENTE I CAMPIONI DI SANGUE O DI ALTRO TIPO X IDENTIFICARE I MICRORGANISMI PRESENTI
(X QUANTO POSSIBILE ANCHE IDENTIFICARE LA PRESENZA DEI GENI ASSOCIATI ALLA RESISTENZA AI FARMACI (TECNICHE AMPLIFICAZIONE E RILEVAMENTO DIRETTE)
TEST IMMUNOCROMATOGRAFICI RAPIDI X LA RILEVAZIONE DEI GENI DI RESISTENZA:
RILEVAZIONE CARBAPENEMASI KPC, OXA, VIM, IMP, NDM DIRETTAMENTE DA FLACONE
LE METODICHE MOLECOLARI POSSONO ESSERE ESEGUITE SULLE EMOCOLTURE POSITIVE O DIRETTAMENTE SU CAMPIONI DI SANGUE
L'EMOCOLTURA RIMANE IL METODO DI RIFERIMENTO X LA DIAGNOSI DI SEPSI POICHE' CONSENTE L'ISOLAMENTO DELL'AGENTE EZIOLOGICO E LA VALUTAZIONE DELLA SENSIBILITA' AGLI ANTIBIOTICI,
MA L'AFFIANCAMENTO CON UN METODO MOLECOLARE PERMETTE DI AUMENTARE LA VELOCITA' DI IDENTIFICAZIONE DEI MICRORGANISMI PATOGENI E DI EVENTUALI ANTIBIOTICO-RESISTENZE UTILI AL CLINICO