La tortura, practicada extensamente durante el conflicto armado interno, se definió según la Convención de las Naciones Unidas contra la Tortura. Las víctimas sufrían dolores físicos y mentales graves para obtener información, castigar por actos cometidos o sospechosos. Ejercida por fuerzas de seguridad del Estado y guerrillas, incluía golpes, asfixia, violencia sexual y privación de sueño y comida. La CEH registró 1,598 víctimas de tortura, con un 54% de supervivientes.
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