En caso de resistencia, toxicidad, intolerancia a los fármacos de primera línea o ante la imposibilidad de usar la vía oral: aminoglucósidos (estreptomicina, kanamicina o amikacina), capreomicina, etionamida, cicloserina, linezolid, clofamizina, bedaquilina, dalamanid, carbapenémicos (imipenem y meropenem) y quinolonas (levofloxacino, moxifloxacino o gatifloxacino).