I bacini sono Reno, Danubio, Elba, Oder, Weser e Ems. Il fiume più lungo, e il secondo fiume più lungo d'Europa, è il Danubio, che attraversa la Germania per 647 km (su 2.888 complessivi). Gli altri fiumi sfociano nel mare del Nord o nel mar Baltico: la Germania è quindi attraversata dallo spartiacque europeo.