No hay cifras definitivas, pero estudios recientes sugieren que, en el Virreinato de Perú, en el lapso de 50 años, murieron 9 de cada 10 indígenas. La epidemia de la viruela, iniciada en México en 1519, parece haber llegado a los Andes con los navegantes indígenas y causó la muerte de Huayna Cápac.
