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Fundamentos de doenças infecciosas para bioinformática deyvid…

- - - - Possui cromossomo e segmentos menores chamados plasmídeos (esses últimos podem ser compartilhados - principal motivo para resistência).
        
        maioria do genoma é codificável (sem splicing) e há elementos móveis também.
      - Sequenciamento de genoma de bactérias.
        
        Útil para discernir culturas cuja espécies não foram detectadas por métodos convencionais. É possível saber genes de resistência da bactéria, também.
        
        Análise de clonalidade: bactérias clonais entre diferentes pacientes suspeita-se de surto hospitalar.
    - - Há genoma de DNA, RNA, simples ou dupla-fita.
        
        Há 7 classes dependendo de como o vírus gera RNAm.
        Sequenciamento de genoma viral:
        
        É possível comparar cepas por filogenia e descobrir quem pegou vírus de quem
  - - - Estuda material genético recuperado do ambiente e sem isolar cepas ou tipos celulares.
        
        Fezes, solos, rios, swab de pele, parede de UTI, mucosas.
        
        Possível devido sequenciamento massivo (NGS).
        
        Estuda vários organismos simultaneamente presente em uma amostra ambiental (termo genérico).
    - - A metagenômica mais simples, analisa sequenciamento de porção do genôma 16S (que todas bactérias tem) e avalia as mutações. É possível detectar as bactérias e em quais proporções do intestino, por exemplo.
        
        É possível usar microbioma para triagem de endotoxinas em amostras para transplante de feses.
    - - Viroma (sequencia o RNA total de uma amostra), filtragem de vírus.
        
        DNA mitocondrial e ribossomal humano precisa ser removido se amostra for de humano.
        
        Útil no monitoramento de vírus emergentes.
  - - - etapas
        
        Demultiplexação
        Limpeza de reads com baixa qualidade
        mapeamento com genoma do hospedeiro que originou amostra ( e remoção de sequencia)
        identificação taxonômica (compara sequências restantes com banco de sequencias de patógenos): Kraken2, bracken, clark, diamond
        identificação do patógeno pelo analista.
        Validação do resultado
        
        baixar fastq da amostra
        
        baixar banco de taxonomia
        
        baixar genoma de referência (hmano)
        
        cortar as extremidades da sequencia
- - - - NCBI
        
        Há um script do NCBI no github:
        
        permite baixar os genomas de referência de diferentes microrganismos, incluindo parâmetros desejados para cada busca.
      - Genome taxonomy database
        
        Conhecido para arqueia e bactérias
      - Silva
        
        Muito usado para sequencias de 16s
      - unit
        
        Muito usado para análise de fungo
      - CARD
        
        Alta curadoria para interpretar sequências que podem ser resistências à antimicrobianos.
      - GISAID
        
        Viral
      - Eggnog-mapper
        
        ferramenta que consulta numa única busca diversos bancos de dados.
      - Greengene - usado para análise de sequências de 16s, porém parou de ser atualizado em 2012. Melhor é o silva
    - - BLAST - realiza alinhamento local de sequencias com banco de dados; mostra o grau de similaridade da sequência com banco de dados.
      - qza - arquivo de análise do qiime
        qzv - arquivo de visualização do qiime
  - - - método shotgun: é mais caro pois necessita de muita cobertura e há sequências do hospedeiro que precisam ser removidas para as análises;
      - Não é necessário cultivar a amostra
    - - método amplicon 16s para bactérias ou its para fungos funciona bem para identificar qual a espécie da bactéria (na verdade, não é metagenômica pois não se obtem dados do genoma dos microrganismos, apenas sequências específicas do genoma. É a metataxonomia
      - Subunidade 16s do ribossomo:
        
        marcador filogenético de bactérias
      - Microbioma intestinal
        
        Material primário é fezes. Após sequenciar:
        
        É feita análise de qualidade.
        
        Limpeza (corta sequencias pequenas, remove sequencias com qualidade ruim).
        
        Classificação da taxonomia.
        
        Laudo
        
        Alfa diversidade: diversidade interna da amostra
        Beta diversidade: comparação da diversidade com um coorte (chao01 e shenon)
        
        Valores de referência