Possui cromossomo e segmentos menores chamados plasmídeos (esses últimos podem ser compartilhados - principal motivo para resistência).

• maioria do genoma é codificável (sem splicing) e há elementos móveis também.

• Há genoma de DNA, RNA, simples ou dupla-fita.
• Há 7 classes dependendo de como o vírus gera RNAm.
  Sequenciamento de genoma viral:
• É possível comparar cepas por filogenia e descobrir quem pegou vírus de quem

Sequenciamento de genoma de bactérias.

• Útil para discernir culturas cuja espécies não foram detectadas por métodos convencionais. É possível saber genes de resistência da bactéria, também.
• Análise de clonalidade: bactérias clonais entre diferentes pacientes suspeita-se de surto hospitalar.

• Estuda material genético recuperado do ambiente e sem isolar cepas ou tipos celulares.
• Fezes, solos, rios, swab de pele, parede de UTI, mucosas.
• Possível devido sequenciamento massivo (NGS).
• Estuda vários organismos simultaneamente presente em uma amostra ambiental (termo genérico).
  

• A metagenômica mais simples, analisa sequenciamento de porção do genôma 16S (que todas bactérias tem) e avalia as mutações. É possível detectar as bactérias e em quais proporções do intestino, por exemplo.
• É possível usar microbioma para triagem de endotoxinas em amostras para transplante de feses.

• Viroma (sequencia o RNA total de uma amostra), filtragem de vírus.
• DNA mitocondrial e ribossomal humano precisa ser removido se amostra for de humano.
• Útil no monitoramento de vírus emergentes.

Há um script do NCBI no github:

• permite baixar os genomas de referência de diferentes microrganismos, incluindo parâmetros desejados para cada busca.

BLAST - realiza alinhamento local de sequencias com banco de dados; mostra o grau de similaridade da sequência com banco de dados.

Termos técnicos:

• metagenômica shotgun: leitura de TODOS os genomas de amostra ambiental, sem cultivar. (gera vários fragmentos de todos os microrganismos presente nas amostras).
• metagenômica amplicon: leitura de fragmentos específicos dos microrganismos presentes nas amostras ambientais de forma direcionada, p.ex. amplificando apenas gene 16s de ribossomos.

Alta curadoria para interpretar sequências que podem ser resistências à antimicrobianos.

ferramenta que consulta numa única busca diversos bancos de dados.

• método shotgun: é mais caro pois necessita de muita cobertura e há sequências do hospedeiro que precisam ser removidas para as análises;

• método amplicon 16s para bactérias ou its para fungos funciona bem para identificar qual a espécie da bactéria (na verdade, não é metagenômica pois não se obtem dados do genoma dos microrganismos, apenas sequências específicas do genoma. É a metataxonomia

Material primário é fezes. Após sequenciar:

1. É feita análise de qualidade.
2. Limpeza (corta sequencias pequenas, remove sequencias com qualidade ruim).
3. Classificação da taxonomia.
4. Laudo

Greengene - usado para análise de sequências de 16s, porém parou de ser atualizado em 2012. Melhor é o silva

Alfa diversidade: diversidade interna da amostra
Beta diversidade: comparação da diversidade com um coorte (chao01 e shenon)

Demultiplexação
Limpeza de reads com baixa qualidade
mapeamento com genoma do hospedeiro que originou amostra ( e remoção de sequencia)
identificação taxonômica (compara sequências restantes com banco de sequencias de patógenos): Kraken2, bracken, clark, diamond
identificação do patógeno pelo analista.
Validação do resultado