Ao contrário do resto do TGI, as biópsias colônicas apresentam leves alterações e artefatos devido ao prepato colonoscópico. A avaliação inicial das desordens inflamatórias podem ser dividas em quatro categorias gerais: crônica, aguda, eosinofílica e paucicelular. Ao contrário do resto do TGI, o grau de preservação/alteração da arquitetura críptica é uma importante característica para avaliação patológica. A avaliação da biópsia colônica deve ser realizada junto com informações clínicas, com ênfase na distribuição anatômica e anormalidades endoscópicas, assim como história pregressa, tempo de lesão, relação familiar da patologia e, mais importante, o tipo e qualidade da diarréia (sanguinolenta x não-sanguinolenta) - quase todos os paciente com colite ulcerativa tem sangue nas fezes, enquanto quase todos os paciente com colite microscópica ou desordens infiltrativas, a diarréia é aquosa e não-sanguinolenta