Tahap kedua adalah pada masa pemerintahan Sultan Muhammad Abdul Jalil Muzafar Syah. Pada tahun 1751, perlawanan berkobar lagi setelah kematian ayahnya. VOC mencoba memutus jalur perdagangan menuju Siak dengan mendirikan benteng-benteng pertahanan di sepanjang sungai Indragiri, Kampar, sampai Pulau Guntung yang berada di muara sungai Siak. Pertempuran puncak terjadi di Pulau Guntung pada tahun 1752-1753. Di sini, VOC membawa kapal perang Harimau Buas yang dilengkapi dengan meriam.Pertempuran berlangsung sengit selama satu bulan. Banyak korban berjatuhan dari kedua belah pihak. Kerajaan Siak kesusahan menembus benteng pertahanan VOC. Akhirnya, Sultan Muhammad Abdul Jalil Muzafar Syah memutuskan untuk berpura-pura menyerah pada VOC. Ia mengajak VOC untuk melakukan perundingan damai di Loji, Pulau Guntung. Pada perundingan ini, sultan dipaksa untuk tunduk pada VOC.Namun, sultan ternyata memiliki siasat rahasia yang dikenal dengan siasat hadiah sultan. Ia memberi kode kepada anak buahnya untuk menyergap VOC di Loji. Loji dibakar dan sultan kembali ke Siak membawa kemenangan. Siasat perang ini tidak lepas dari jasa Raja Indra Pahlawan, yang berhasil mengelabui VOC dengan berpura-pura menjadi utusan sultan.
