1. Peperangan antara Johor, Aceh dan Portugis untuk menguasai perdagangan di Selat Melaka. Johor memberi bantuan kepada Belanda dan mengalahkan Portugis dan menguasai Melaka pada tahun 1641. Manakala Aceh mengalami kemerosotan selepas kemangkatan Sultan Iskandar Thani
   
   

2.Berlakunya krisis dan peperangan antara Johor dan Jambi pada tahun 1659 hingga 1679. Jambi tewas dan tunduk di bawah Kesultanan Johor Riau yang berpusat di Riau

3. Konflik antara Bendahara Tun Habib Abdul Majid dengan Laksamana Tun Abdul Jamil untuk kuasai Pemerintahan Kerajaan Johor Riau
   
   
   

4. Johor diserang Raja Kechil pada tahun 1718 kerana takhta kerajaan Johor mendakwa dirinya sebagai putera Sultan Mahmud Shah 1. RAja Kechil dikalahkan pada tahun 4 Oktober 1722 dengan bantuan Opu Bugis Lima Bersaudara. Raja Sulaiman ditabalkan sebagai Sultan Johor dengan gelaran Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah(1722 - 1760

Diasaskan oleh Raja Ali, Putera Sultan Mahmud Shah dan Tun Fatimah

Pusat pemerintahan pertama terletak di Kota Kara, Pekan Tua pada tahun 1528 dan dipindahkan ke Kota Sayong, Sayong Pinang setelah dimusnahkan oleh portugis pada tahun 1535

Sultan Alauddin Riayat Shah memindahkan Pusat pemerintahan ke Kota Batu, Johor Lama

Dibina semasa pengasasan kerajaan oleh Sultan Alauddin Riayat Shah 1

Pagar dibuat dengan pancang kayu besar setinggi 40 kaki (12 meter)

1. Pelabuhan Riau di persimpangan lalu lintas maritim yang strategik menjadi tumpuan para pedagang luar untuk berurus niaga

2. Menjadi tumpuan pedagang dari China, Gujerat, Belanda, pedagang Inggeris, tanah jajahan, naungan dan kerajaan lain di Alam Melayu

3. Menjadi pusat pengumpulan dan pengedaran pelbagai barang dagangan seperti lada hitam, biji timah dan emas dari tanah jajahan. Kelapa kering, kayu gaharu, damar, kelembak, sagu, pinang, ikan masin, periuk belanga, lilin dan garam dari tanah tempatan. Benang emas, kain sutera putih, barang tembikar, seramik, kuali besi, teh dan tembaga dari China. Beras dari Jawa. Kain, wangian dan manik dari pedagang Gujerat

4. Terdapat 500 - 600 buah kapal pelbagai bangsa yang antaranya terdiri dari Kapal Siam, Portugis, Inggeris dan pulau-pulau dari Alam Melayu

Kemudahan Pelabuhan : gudang bawah tanah untuk jaga barangan dari api, pegawai untuk kendalikan urusan dagangan dan membekal barang diperlukan oleh pedagan seperti lada hitam dan rempah ratus

Urusan Jual Beli : Sultan Alauddin Riayat Shah 1 memperkenalkan mata wang emas(mas), wang perak(kupang), dan wang timah(katun). Mata wang asing seperti Dolar Sepanyol dan Mexico, duit Belanda turut diguna pada akhir abad ke-18

Sistem Naungan : Pedagang luar dan tempatan dapat naungan daripada Bendahara, Temenggung, Laksamana dan Raja Indera Bongsu dalam bentuk cukai dan memudahkan pedagang mendapat surat daripada Belanda dan belayar tanpa gangguan di Selat Melaka

Peranan Orang Laut : ditugaskan sebagai pengawal pelabuhan, penunda kapal dagang, penunjuk arah kepada para pedagang, pengawal di perairan Johor dan Selat Melaka dan mengawal keselamatan Kesultanan Johor Riau sebagai tentera angkatan laut.

Kemudahan Membaiki Dan Membina Kapal : Orang laut mahir membina kapal seperti kolek, benting, penjajap, balok dan penjalang dan telah membantu memajukan Kesultanan Johor Riau

Hikayat Hang Tuah : sebuah epik kepahlawanan yang merentas sepanjang zaman kegemilangan Kesultanan Melayu Melaka dan juga berkaitan dengan ketaatan dan kesetiaan Hang Tuah kepada raja dan Kesultanan Melayu Melaka

Sulalatus-Salatin : bermaksud Salasilah Raja-Raja/Peraturan Raja-Raja dan menceritakan tentang asal-usul keturunan raja-raja Melaka, istiadat kerajaan dan sejarah Kesultanan Melayu Melaka

Tun Seri Lanang : nama sebenar ialah Tun Muhammad Bin Tun Ahmad Paduka Raja. Dilahirkan di Bukit Seluyut, Kota Tinggi pada tahun 1565 dan menjadi bendahara Johor semasa pemerintahan Sultan Alauddin Riayat Shah 11. Beliau menulis semula Sulalatus Salatin atas titah Raja Abdullah. Beliau dilantik sebagai penasihat Sultan iskandar Muda, Acheh dan menjadi Raja Uleebalang di Samarlanga

Tajul Salatin : ditulis oleh Bukhari Al-Jauhari dan merupakan karya tersohor pada zaman Kesultanan Johor Riau.

Tuhfat Al-Nafis, Salasilah Melayu dan Bugis dan Gurindam Dua Belas dikarang oleh Raja Ali Haji

Hikayat Anak Panah Sedasa dikarang oleh Tun Hisap Misai