У своїй роботі СЗІ взаємодіє з підрозділами організації (РСО, службою безпеки, підрозділом ТЗІ та ін.), а також з державними органами, установами та організаціями, що займаються питаннями захисту інформації. У разі потреби, до виконання робіт можуть залучатися зовнішні організації, що мають ліцензії на відповідний вид діяльності у сфері захисту інформації.