Kemajuan dan perkembangan Islam semakin nyata pada masa pemerintahan Sultan Bolkiah (sultan ke-5) yang wilayahnya meliputi Suluk, Selandung, Kepulauan Sulu, Kepulauan Balabac, Pulau Banggi, Pulau Balambangan, Matanani, dan utara Pulau Palawan. Di masa Sultan Hassan (sultan ke-9), masyarakat Muslim Brunei memiliki institusi-institusi pemerintahan agama