Suelen ser gérmenes gram negativos, que habitan en el intestino, sin ser enteropatógenos. El microorganismo causal más frecuente es el Escherichia coli de serotipos 01, 04, 08, 0,25 y 0,75, causante del 80-90% de las infecciones adquiridas en la comunidad. Le siguen en menor frecuencia: Proteus, Klebsiella, Enterobacter y Pseudomonas.