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生物信息学 - Coggle Diagram
生物信息学
氨基酸序列
应用场景:信息已经全部获得,明确其部分功能;已鉴定基因,对应蛋白质已了解转录谱或蛋白质组学,功能未确定
分子质量
如果是真核表达系统需要考虑糖基化因素,N-糖比较容易预测,O-糖较难预测,每个糖基化位点大于2000kDa
pI
离子交换层析柱:一般是低于pI时倾向和阳离子柱如S柱结合,高于pI时倾向和阴离子柱如Q柱结合
如果电荷分布不均匀,也会有例外,例如存在多个正电荷聚集区和多个负电荷聚集区,在相同条件下能够和阴阳离子交换柱都能结合
相同条件下,表面电荷而不是总净电荷越多,和树脂的结合越紧密,就需要更高的盐浓度进行洗脱。
蛋白在等电点溶解度最低,可以考虑等电点沉淀进行纯化
如果蛋白会和其他蛋白形成稳定的复合体那情况比较复杂,需要重新考虑
摩尔消光系数
来源:色氨酸W、酪氨酸Y、二硫键C的UV吸收峰
基于假设:暴露在表面的基团和埋在内部的基团数量平均
ε molar = (nW
5500) + (nY
1490) + (nC * 125)
如果蛋白质含有核酸污染物(或者接枝核酸),其他有吸收的物质(血红素、铁硫中心核苷酸底物、辅因子),或者荧光修饰物(例如GFP),那么这种标定方法无效
半胱氨酸含量
如果没有,就无需加入DTT等还原剂
如果来自大肠杆菌,胞质是还原环境,则半胱氨酸是还原的
如果是大肠杆菌来源并定位于周质,