Os lisossomos contêm cerca de 40 tipos de enzimas hidrolíticas, incluindo proteases, nucleases, glicosidases, lipases, fosfolipases, fosfatases e sulfatases. Todas as enzimas lisossomais são hidrolases ácidas que são ativas no pH ácido (cerca de 5), que é mantido dentro dos lisossomos, mas não em pH neutro (cerca de 7,2).