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QUALIDADE DE SEQUENCIAMENTO MURILO CERVATO, FAZER EXERCÍCIO NO BASESPACE …

- - - - Necessário arquivos da corridas
        
        Pasta InterOp; RunInfo.xml; RunParameters.xml
        
        (Tumbnail_Images contém imagens da corrida)
      - Importante acompanhar:
        
        Qualidade de incorporação de bases - Q30
        
        %PF
        
        Densidade de cluster ou % de ocupação
        
        TELA 1 SAV:
        
        TELA 2: IMAGENS
        
        TELA 3: RESUMO
        
        TELA 5: Resumo das médias dos pares de bases
        
        TELA 6:
  - - - È necessário que o oligonucleotídeo (adaptador) da flowcell seja compatível (complementar) ao adaptador da biblioteca.
      - Flowcells non-patterned: Nos primeiros ciclos, a flowcell é mapeada para avaliar se há cluster e em que posição está.
        (se lê sequências consenso do adaptador). É chamado template generation
      - Flowcell patterned: Já tem os nanopoços mapeados (não possui template generation). - densidade é 1 cluster por poço e é fixo
        
        Termo correto para carregamento
        (sintomas não ótímo)
        
        underloaded
        
        ocupação baixa
        PF baixo
        
        overloaded
        
        ocupação alta
        PF baixo
      - Há sequenciadores com até 4 leituras de cores
        
        Há sequenciadores com até 2 leituras: intermediário verde-vermelho A, nada G, Verde T, Vermelho C. - tira só duas fotos, sendo mais rápido (A e T é jogado junto), (G e C são jogados juntos)
        
        Há sequenciadores com 1 leitura: usa só a cor verde com tempos de emissão diferentes, permite identificar todas as bases.
      - densidade de cluster - quantos cluster tem por área (medido em cluster por mm². É avaliado em non-patterned flowcell.
      - Under e overcluster é uma métrica de densidade de cluster, apenas para as non-patterned flowcell.
        É avaliado entre os ciclos 1-25 do R1. Se o cluster é distinguível é integrado ao passing filter.
      - taxa de ocupação de todos os poços disponíveis, quantos clusters estão ocupados. (relevante para a patterned flowcell
      - passing filter de todos os clusters, quantos são viáveis para gerar dados.