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CARIOTIPO - Coggle Diagram

- - - - bandeggio C
        permette di visualizzare solo i centromeri
        
        bandeggio Q
        
        si utilizza la mostarda di Quinacrina che è un intercalante che si inserisce nelle zone ricche in A-T
        
        queste dunque risultano più fluorescenti
        
        i cromosomi si visualizzano con microscopio a fluorescenza che utilizza lampada UV
        
        bandeggio G
        
        si tratta il vetrino con tripsina che digerisce le proteine che legano il DNA
        
        si inserisce Giemsa colorante che si intercala nelle zone ricche in A-T
        (tecnica complementare al bandeggio Q)
        
        bandeggio R
        
        denaturazione dei legami attraverso il calore
        
        principale denaturazione nelle zone AT
        
        = le zone più scure sono quelle GC
        (R → reverse)
  - - - il centromero, costrizione primaria, divide il cromosoma in:
        
        braccio lungo → q
        
        braccio corto → p
        
        METACENTRICI
        p = q
        
        SUBMETACENTRICI
        p > q
        
        ACROCENTRICI
        p >> q
        costrizione secondaria e presenza di satelliti
        
        TELOCENTRICO
        p e q assente
        NON presenti nella specie umana
  - - - FUNZIONE
      - DNA sonda trattato con fluorocromi
        = fluoresente
        
        denaturazione di entrambi i DNA tramite alte temperature
        
        ibridizzazione del DNA target con il DNA sonda sfruttando la complementarietà di basi
        = doppia elica con 1 filamento target e 1 filamento fluorescente
        
        risultato
        
        determinate seq = geni sono fluorescenti
        
        PROCEDIMENTO
        
        esistono due meccanismi di marcatura:
        
        marcatura DIRETTA
        ibridizzazione del DNA target con una sonda fluorescente
        
        marcatura INDIRETTA
        utilizzo di sostanze NON fluorescenti che sono poi riconosciute da anticorpi fluorescenti
        
        MARCATURA
    - - CGH array
        
        tecnica per identificare
        
        anomalie cromosomiche di tipo numeriche (aneuoloidie) di autosomi e cromosomi sessuali
        
        variazioni del contenuto di piccole porzioni di DNA (CNV)
        
        il test si basa sulla comparazione quantitativa di un DNA test (del feto/embrione) e un DNA reference (di un soggetto sano)
        
        entrambi i DNA marcati con fluorescenze diverse
        
        i DNA vengono posti, in uguale quantità, su un array in cui è presente del DNA sonda
        → ognuno di questi cloni rappresenta una specifica regione del genoma umano, fino a ricomprendere l’intero assetto cromosomico umano
        
        DNA test e DNA reference si combinano con il DNA sonda
        
        a questo punto si compara l'intensità di fluorescenza tra le due coppie
        DNAtest-DNAsonda e DNAreference-DNAsonda ‼️
        
        se il rapporto di fluorescenza è uguale (1:1) allora NON ci sono aneuploidie
        
        se il rapporto di fluorescenza è diverso (2:1 o 1:2) allora ci sono aneuploidie
        
        PROCEDIMENTO
        
        FUNZIONE
    - - sonde centromeriche
        riconoscono le seq ripetute che sono presenti in tutti i centromeri
        
        utilizzate per il conteggio dei cromosomi
        
        sonde centromeriche specifiche
        alcune sonde riconoscono delle seq ripetute presenti SOLO nei centromeri di un cromosoma
        
        sonde per TELOMERI
        riconoscono le seq ripetute presenti in tutti telomeri
        
        sonde telomeriche specifiche
        riconoscono seq subtelomeriche diverse per ogni telomero
      - una sonda è capace di riconscere determinati locus genici
- - - - causa
        NON-disgiunzione meiotica
- - - - MOSAICO FUNZIONALE
        perchè i tessuti esprimono cintenuti genetici differenti
        malattie recessive X-linked
        la gravità della malattia è legata al numero di cell che presentano il gene mutato
        
        l'inattivazione è di solito casuale ma in caso di malattie X-linked recessive si osserva l'inattivazione preferenziale dell'X mutato
      - se XIST trascritto → X inattivo
        se XIST non trascritto → X attivo
      - INATTIVAZIONE
        
        =
        
        COMPENSAZIONE DOSAGGIO GENICO
- - - - DOMINI
        TAD
      - DOMINI
        LAD
  - - - prevedono
        
        l'induzione di una rottura nella doppia elica di DNA
        
        inserimento di una seq di DNA di interesse
        
        è basato su:
        
        riconoscimento di una seq di DNA specifica
        → tramite il riconoscimento di fattori di trascrizione proteine specifiche del DNA
        
        si utilizza una enonucleasi che effettui un taglio nel filamento
        
        CRISPR/Cas9
        
        un fago attacca un batterio
        
        batterio incorpora nel proprio genoma il DNA fagico
        
        poi trascive quella parte di DNA incorporato
        
        si produce un trascritto che viene incorporato in Cas9
        Cas9 è una nucleasi che utilizza il trascritto incorporato per andare ad effettuare un taglio nel DNA batterico che presenta seq complementari
        
        si è scoperto che inoculando certi RNA ingegnerizzati in Cas9 permettono far tagliare loro seq specifiche di DNA (complementari all'RNA ingegnerizzato inserito)
        
        questa tecnica potrebbe esssere utilizzata per il trattamento di malattie genetiche
        
        UTILIZZO
        
        TECNICA
        
        ZINC FINGER
        
        la nucleasi prende il nome di FOK1
        
        TALEN
        
        TALEN è una nucleasi composta da
        
        proteina effettrice in grado di riconoscere e legare una seq di DNA
        
        dominio di taglio del DNA
        
        TALEN scansione il DNA e quando incontra la seq complementare alla sua effettua il taglio