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TRASCRIZIONE, POLIMORFISMO - Coggle Diagram

- - - - small NON coding RNA
        
        alcuni ncRNA sono coinvolti nel processo di rimodellamento della cromatina trasportando gli enzimi che metilano il DNA ed effettuano le modifiche istoniche
      - long NON coding RNA
        . > 200 nucleotidi
        funzionano come proteine d'impalcatura per il reclutamento di proteine funzionalmente correlate
        la loro struttura tridimensionale è in grado di reclutare proteine e interagire con gli acidi nucleici
- - - - liberazione di PPi dal ribonucleoside trifosfato
        
        idrolisi del PPi in due Pi
        
        liberazione di molta energia = reazione esoergonica
        
        energia che stabilizza notevolmente il legame fosfodiesterico
      - incrocio tra replicazione e trascrizione
        
        quando l'apparato duplicazionale incontra quello replicazionale si ipotizzano 3 diversi eventi
        
        duplic scalza del tutto replic
        
        duplic rallenta e insegue replic
        
        duplicazione sorpassa replic senza interromperla
        
        una destabilizzazione DNA-RNA
        
        causa un parziale scalzamento della RNApol
        
        trascritto nascente si conserva adeso a RNApol
  - - - è il filamento di DNA che viene trascritto
        può essere codificante in alcuni tratti su un'elica e per altri tratti sull'altra elica
    - - sito del DNA in cui si lega l'RNApol
        NON viene tradotto nè trascritto
- - - - - SUBUNITA' ∂
        
        funzioni
        
        lega il promotore sul DNA riconoscendo seq consensus a livello del promotore
        
        modula la trascrizione = ogni sub ∂ ha specificità per alcuni promotori
        
        favorisce l'assemblaggio dell'apparato trascrizionale
        
        dopo 8/9 nucleotidi si distacca perchè non più necessaria
        
        - proteina CAP
        
        opera in E.coli
        si lega ad una seq vicina al promotore
        favorisce l'aggancio di RNApol al promotore
        
        ♦︎ - SUBUNITA' SIGMA ∂
      - NON procede a velocità costante ✘
        zone ricche in GC rallentano la sua attività
      - OLOENZIMA = apoenzima + sub ∂
        apparato trascrizionale
  - - - sequenze nucleotidiche
        
        -10, pribnow box
        
        -35
        
        il segno - indica la distanza tra il promotore e il nucleotide +1
        
        punto di INIZIO TRASCR
        è il nucleotide +1
        
        ♦️ SITI TERMINAZIONE
        
        Ⅰ. terminazione ⍴ dipendente
        
        fattore ⍴
        destabilizza interazione RNApol-stampo interagendo con l'RNApol stessa
        proteina tetramerica
        possiede attività ATPasica
        
        insegue RNApol a v = cost
        
        sfrutta i rallentamenti in corrispondenza di GC per raggiungere RNApol
        
        causa il disassemblaggio
        favorisce il distacco del trascritto
        
        Ⅱ. terminazione ⍴ INdipendente
        
        presenza di un poli A nello stampo che si traduce in una coda di poliU nel trascritto
        
        abbondanza di interazioni AU tra stampo e trascritto, caratterizzate da pochi leg H, rende più lassa l'interazione
        
        formsazione di LOOP nell'mRNA
        
        che causa infine il rilascio dell'apparato trascrizionale
        
        formati da seq palindromiche che formano nell'RNA anse (loops)
        seq PALINDROMICHE ➡️ ANSE
        
        ricchi in GC
        (il forte rallentamento stimola il rilascio del trascritto)
        
        TRADUZIONE vs TRASCRIZIONE
        
        ♦️ SEQ UTR
        
        1 more item...
        
        promotori FORTI
        hanno ALTA affinità per la SUB SIGMA
        
        promotori DEBOLI
        hanno BASSA affinità per la SUB SIGMA
        
        attivatori
        → contattano det siti della RNApol per ancorarla saldamente al promotore
    - - 1️⃣ STABILIZZAZIONE del TRASCRITTO
        la stabilizzazione si ottiene grazie alla presenza di NUCLEOTIDI ALTERNATIVI (NADH o NAD+)
        
        nel caso in cui come primo nucleotide, si trova l'adenina (= T nel fil DNA)
        
        talvolta l'RNApol agg invece
        un NADH o NAD+
        (modifica co-trascrizionale)
        
        i quali stabilizzano il trascritto proteggendolo dall'attività delle esonucleasi
        
        2️⃣ RIMOZIONE dei spaz INTRAGEN
        la maturazione di un gene sovrapposto prevede l'eliminazione degli spaziatori intragenici
        
        GENI SOVRAPPOSTI
        
        TRASCRITTO POLICISTRONICO
        
        i trascritti prodotti differiscono per la presenza di geni differenziali
        ma sono funzionalmente correlati
        
        CISTRONE =
        seq di DNA cui corrisponde un solo peptide
        
        1 seq DNA fa parte di più unità trascrizionali
        una medesima sequenza di DNA può essere trascritta a partire da diversi promotori
        
        zoom in
        
        zoom in
        SPAZIATORI INTRAGENICI
        separano un RNA funzionale dall'altro
        separano le unità trascrizionali
        
        ≠
        
        SPAZIATORI INTERGENICI
        separano un gene dall'altro
      - tRNA
        
        i tRNA sono composti da più molecole di RNA
        
        maturazione
        
        rimozione dei spaz intragenici
        
        aggiunta della seq CCA al 3' OH
        
        MODIFICHE POST-TRASCRIZIONALI
        
        aggiunta del braccio ⍦ formato da pseudo-uracili
        
        aggiunta di timine
  - - - trascrivono geni di classe I
        i quali codificano per:
        
        45S (28S, 18S e 5,8S rRNA)
        
        RNApol II
        
        trascrivono geni di classe II
        i quali codificano per:
        
        mRNA
        
        snRNA
        
        miRNA
        
        lncRNA
        
        RNApol III
        
        trascrivono geni di classe III
        i quali codificano per:
        
        tRNA
        
        rRNA 5S
        
        scRNA (funzione catalitica nel citoplasma. es. SRP)
        
        SEQ CONSENSUS
        = PROMOTORI
        
        TATA box
        -30 o -25
        riesce a vincere la resistenza per poter denaturare il DNA
        
        CAAT box
        -80
        
        ♦︎ FATTORI di TRASCRIZIONE
        
        modulano l'efficienza della trascrizione
        
        aiutano la RNApol a riconoscere il promotore
        
        Upstream Promoter Elements
        elementi a monte del promotore che regolano l'efficienza trascrizionale tramite il legame con proteine regolatrici
        fanno parte del promotore
        la loro abbondanza determina l'efficacia del promotore
        
        ♦️ UPE
        
        1 more item...
        
        PROMOTORE
        
        1 more item...
        
        ENHANCER
        seq a -1000
        legano proteine regolatrici che aumentano l'efficienza di trascrizione
        sono quindi regolati dai fattori trascrizionali (proteine)
        
        gli enhancer possono stare a monte o a valle del promotore perchè il DNA è capace di creare delle anse grazie alla mediazione di co-attivatori
        
        l'interazione tra promotori ed enhncer agevola l'interazione tra loci genici funzionalmente correlati
        e quindi alla formazione di domini TAD, territori di interazione cromosomica
    - - l'RNApol II è l'effettore del processo di trascrizione
        tuttavia per legare il DNA ha bisogno dell'interveto di TFs
        
        TFIID riconosce la TATAbox
        
        si lega TFII A
        
        TFII B, recluta un attivatore (una seq UPE) aumentando così l'affinità del promotore
        
        UPE producono dell piegature del DNA che aumentano l'affinità dell'apparato trascrizionale
        
        TFII F
        
        reclutamento della RNApol
        
        TFII E stabilizza l'interazione
        
        si idrolizza ATP per far andare avanti la trascrizione
        
        2️⃣ FINE TRASCRIZIONE
        
        RNApol hanno un dominio C-terminale che si attiva una volta che il complesso ha superato la seq funzionale di poliadenilazione
        
        si attiva tagliando il trascritto
        
        CLEAVAGE FACTORS
        contribuiscono all'effettuazione del taglio
        
        3️⃣ MATURAZIONE dei TRASCRITTI
        
        1. CAPPING
        aggiunta di una guanosina che poi viene metilata in posizione 7
        modifica co-trascrizionale
        funzioni
        
        stabilizzare il trascritto
        il cappuccio di 7-metil-guanosina nasconde il 5'P che verrebbe degradato dalle esonucleasi
        
        permette il riconoscimento della sub minore ‼️ del ribosoma
        il ribosoma infatti riconosce il trascritto a partire dall'estremità 5'
        
        fondamentali per la traducibilità del trascritto
        
        1 more item...
        
        TFIID
        è un complesso multiprotreico formato da
        
        TBP, tata binding protein
        proteine che legano la TATAbox
        
        TAF, sono i TBP associated factors
        
        zoom in
        a che servono le anse che crea il DNA?
        le ripiegature che forma il DNA servono per ottenere la giustapposizione di proteine regolatorie nelle vicininanze dei rispettivi siti regolatori
      - modifiche istoniche favoriscono la trascrizione
        
        acteliazione → attiva trascrizione ✅
        gr acetile abbattono cariche pos di lisina = diminuisce interaz tra DNA e ottameri
        
        ad opera di acetil transferasi istoniche (HAT)
        
        desacetilazione → inibisce la trascriozione ❌