La Universidad de San Carlos de Guatemala es la única universidad pública y autónoma, con un presupuesto mínimo del 5% del presupuesto del Estado. Sin embargo, perdió su carácter de rectora de la Educación Superior del país en 1985. Actualmente, está compuesta por 10 facultades, 8 escuelas no facultativas, 20 centros regionales y 2 institutos tecnológicos universitarios, con 175,858 estudiantes y 6,500 docentes.
El poder universitario está centralizado en el Consejo Superior Universitario, pero la autonomía universitaria ha sido lesionada en el pasado mediante violencia política y represión institucional, y mediante cambios en la organización del gobierno universitario que excluyen a un conglomerado estudiantil, docente y de trabajadores administrativos y de servicios. Esto ha generado un clientelismo político satelital alrededor del poder.