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NGS - Coggle Diagram
NGS
SEGUN METODO DE SECUENCIACIÓN
PIROSECUENCIACIÓN
No usa fluoróforos
Marca: 454 Roche
Adición de un nucleótido genera BIOLUMINISCENCIA (enzima luciferasa)
POR LIGACIÓN
Marca: SOLID
No usa POLIMERASA, usa LIGASA
Secuenciación en escalera por ligación de adaptadores
En desuso: solo sirve para secuencias cortas (menos de 50pb) y genera errores en palíndromos
POR SEMICONDUCTORES
Ventaja: nucleótidos naturales, sin láseres, sin fluoróforos
Maca: ION TORRENT
Detección electroquímica por variación de pH sal añadir el nucleótido
POR REVERSIÓN DEL TERMINADOR (CRT: CYCLIC REVERSIBLE TERMINATION)
Eliminación fluoróforo genera una señal y deja libre al nucleótido para seguir la reacción
Nucleótido con extremos 3 bloqueado
Marca: ILLUMINA
TERCERA GENERACIÓN
SMRT (Secuenciación a tiempo real)
MÉTODOS
PACIFIC BIOSCIENCE
Polimerasa + ADN molde fijas en un pocillo (ZMW)
Nucleótidos marcados con un fluroóforo
OXFORD NANOPORE
Mide el voltaje al pasar la secuencia por un poro
Utiliza proteína motoras y transportadoras
VENTAJAS
No requiere amplificación
Secuencias mucho más largas
SEGÚN AMPLIFICACIÓN DE ADN
PCR en puente (bridge)
Secuencaidor ILLUMINA
PCR en emulsión (emPCR)
MICROREACTORES = ESFERAS CON PRIMERS
SECUENCAIDORES: 454 ROCHE, SOLID...