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NGS - Coggle Diagram
NGS
SEGÚN MÉTODO DE SECUENCIACIÓN
PIROSECUENCIACIÓN
no usa fluoróforos
marca: 454 roche
adición de nucleótido genenra BIOLUMINESCENCIA
POR LIGACIÓN
marca: SOLID
secuenciación en escalera por ligación de adaptadores
No usa POLIMERASA (usa LIGASA)
en desuso: solo sirve para secuencias corta (50pb) y genera errores en palíndromos
POR SEMICONDUCTORES
marca: ion torrent
detección electroquímica por variación de pH al añadir el nucleótido
ventajas: nucleótidos naturales, sin láseres, sin fluoróforos
POR REVERSIÓN DEL TERMINADOR
(CRT: CYCLIC REVERSIBLE TERMINATION)
MARCA: ILLUMINA
Nucleótido con extremo 3 bloqueado
eliminación de fluoróforo genera una señal y deja libre al nucleótido para seguir la reacción
TERCERA GENERACIÓN
MÉTODOS
PACIFIC BIOSCIENCE
NUCLEÓTIDOS MARCADOS CON FLUORÓFORO
POLIMERASA + ADN MOLDE FIJAS EN UN POCILLO (ZMW)
OXFORD NANOPORE
SMRT (secuenciación a tiempo real)
VENTAJAS
NO REQUIERE AMPLIFICACIÓN
SECUENCIAS MUCHO MÁS LARGAS (LONG READS)
SEGÚN AMPLIFICACIÓN DE ADN
PCR POR EMULSIÓN (emPCR)
MICRORREACTORES = ESFERAS CON PRIMERS
SECUENCIADORES: 454 ROCHE, SOLID
PCR EN PUENTE (BRIDGE)
SECUENCIADOR ILLUMINA