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NGS - Coggle Diagram
NGS
SEGUN MÉTODO DE SECUENCIACION
PIROSECUENCIACION
no usa fluoróforos
marca: 454 ROCHE
Adición de nucleótido genera BIOLUMINISCENCIA (enzima LUCIFERASA)
POR LIGACION
No usa POLIMERASA (usa una LIGASA)
marca: SOLID
secuenciacion en escalera por ligación de adaptadores
en desuso: solo sirve para secuencias cortas (50 bp) y errores en palíndromos
POR SEMICONDUCTORES
MARCA: ION TORRENT
Detección electroquímica por variación de pH al añadir el nucleótido
ventaja: nucleotidos naturales, sin láseres, sin fluoróforos
POR REVERSION DEL TERMINADOR (CRT: CYCLIC REVERSIBLE TERMINATION)
MARCA: ILLUMINA
Nucleótido con extremo 3 bloqueado
eliminación fluoróforo genera una señal y deja libre al nucleótido para seguir la reacción
TERCERA GENERACIÓN
SMRT (secuenciación a tiempo real)
METODOS
PACIFIC BIOSCIENCE
POLIMERASA + ADN MOLDE FIJAS EN UN POCILLO (ZMW)
NUCLEÓTIDOS MARCADOS CON FLUORÓFORO
OXFORD NANOPORE
MIDE EL VOLTAJE AL PASAR LA SECUENCIA POR UN PORO
UTILIZA PROTEINAS MOTORAS Y TRANSPORTADORAS
VENTAJAS
NO REQUIERE AMPLIFICACIÓN
SECUENCIAS MUCHO MAS LARGAS (LONG READS)
SEGUN AMPLIFICACION DE ADN
PCR EN EMULSION (emPCR)
MICRORREACTORES = ESFERAS CON PRIMERS
SECUENCIADORES: 454 ROCHE, SOLID
PCR EN PUENTE (BRIDGE)
SECUENCIADOR ILLUMINA