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NGS - Coggle Diagram
NGS
Según método de secuenciación
Pirosecuenciación
Marca: 454 ROCHE
No usa fluoróforos
Adición de nucleótido genera BIOLUMINISCENCIA (Enzima luciferasa)
Ligación
No usa POLIMERASA (Usa una LIGASA)
Marca: SOLID
Secuenciación en escalera por ligación de adaptadores
En desuso: Solo sierva para secuencias cortas (50pb) y genera errores en palíndromos.
Semiconductores
Detección electroquímica por variación de pH al añadir el nucleótido
Marca: ION Torrent
Ventaja: Nucleótidos naturales, sin láseres, sin fluoróforos
Revsiión del terminador (CRT: Cyclic Reversible Termination)
Marca: Illumina
Nucleótido con extremo 3' bloqueado
Eliminación fluoróforo genera una señal y deja libre al nucleótido para seguir la reacción
Tercera generación
SMRT (Secuenciación a tiempo real)
Métodos
Pacific Bioscience
Polimerasa + ADN molde fijadas en un pocillo (ZMW)
Nucleótidos marcados con fluoróforo
Oxford Nanopore
Mide el voltaje al pasar la secuencia por un poro
Utiliza proteínas motoras y transportadoras
Ventajas
No requiere amplificación
Secuencias mucho más largas (Long reads)
Según amplificación del ADN
PCR en emulsión (emPCR)
Microrreactores = Esferas con primers
Secuenciadores: 454 Roche, Solid
PCR en puente (Bridge)
Secuenciador Illumina