Il tipo di inquinamento dell'acqua può essere di natura chimica, fisica o microbiologica e le conseguenze possono compromettere la salute della flora e della fauna coinvolte, fino agli uomini, nuocendo all'ecosistema e alle riserve idriche ad uso potabile.
Ci sono due vie principali tramite le quali gli inquinanti raggiungono l'acqua: per via diretta o per via indiretta. L'inquinamento per via diretta avviene quando vengono riversate direttamente, nei corsi d'acqua, sostanze inquinanti senza alcun trattamento di depurazione. La via indiretta, invece, avviene quando le sostanze inquinanti arrivano nei corsi d'acqua tramite aria o suolo.