Entretanto, Bunau Varilla, conjuntamente con el secretario John Hay, le habían introducido reformas al Tratado Herrán-Hay, que beneficiaban aún más a los Estados Unidos, en perjuicio de la nueva República con el fin de que el documento fuera ratificado por el Senado norteamericano, sin dilación. Así, el 18 de noviembre de 1903, Philippe Bunau Varilla, en representación de la República de Panamá y John Hay de los Estados Unidos suscribieron la polémica Convención del Canal Ístmico, mejor conocida como Tratado Hay-Bunau Varilla.