Negli anni seguenti il Napoli ottenne discreti risultati, un quarto posto nel 1992 con Claudio Ranieri in panchina[47] e un sesto posto nel 1994, allenatore Marcello Lippi[48]. La crisi finanziaria costrinse il club a privarsi dei suoi uomini migliori[48]. Nei due anni successivi, con Vujadin Boškov in panchina, il Napoli ottenne un settimo e un decimo posto[49], mentre con Luigi Simoni, raggiunse la finale di Coppa Italia 1996-1997, sconfitto poi dal L.R. Vicenza[50]. La crisi raggiunse l'apice nel 1998, con la retrocessione in Serie B dopo 33 anni consecutivi di massima serie[51]. Il club ritornò in Serie A nel 1999-2000[52], per retrocedere dopo appena un anno[53]. L'ingresso in società di Giorgio Corbelli[54] prima e di Salvatore Naldi[55] poi non portò benefici al club, che arrivò quinto nella seconda serie italiana, e nel 2002-2003, a causa di una serie senza vittorie durata tre mesi e mezzo che finì solo all'ultima giornata del girone d'andata contro il Messina, la squadra rischiò anche la retrocessione, terminando l'anno con un pessimo sedicesimo posto seguito poi da un tredicesimo posto la stagione successiva.
La combinazione della grave crisi finanziaria, peggiorata sempre di più negli ultimi dieci anni, e della conseguente crisi di risultati, portò nell'estate del 2004 al fallimento del club con conseguente perdita del titolo sportivo[56]. Nelle settimane successive l'imprenditore cinematografico Aurelio De Laurentiis rilevò il titolo sportivo dalla curatela fallimentare del tribunale di Napoli e iscrisse la squadra, con la denominazione di Napoli Soccer, al campionato di terza serie[57][58]. Nel primo anno, la promozione non arrivò, dato che i partenopei, al terzo posto nel girone, vinsero la semifinale play-off contro la Sanbenedettese, ma persero la finale nel derby contro l'Avellino, ottenendola sul campo solo nel 2006 sotto la guida di Edoardo Reja[59].
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L'ERA DE LAURENTIS
Una volta riacquisita la denominazione originaria di Società Sportiva Calcio Napoli, volutamente non utilizzata nei due campionati di terza serie,[60] nel 2007 il club conseguì l'immediata promozione in Serie A ritornandovi dopo 6 anni di assenza.[61]
Due anni dopo, l'arrivo in panchina di Walter Mazzarri[62] coincise con il ritorno ad alti livelli della squadra. Nel 2011 il Napoli tornò a giocare la massima competizione europea, la UEFA Champions League, ventuno anni dopo l'ultima partecipazione e sette anni dopo il fallimento societario,[63] e l'anno seguente mise in bacheca la quarta Coppa Italia, venticinque anni dopo l'ultima affermazione e quasi ventidue dopo l'ultimo trofeo assoluto del club;[64] infine nel campionato 2012-2013 si piazzò secondo con Edinson Cavani capocannoniere del campionato, secondo calciatore partenopeo a riuscire nell'impresa dopo Maradona. La successiva gestione dell'allenatore Rafael Benítez[65] vide gli azzurri vincere la quinta Coppa Italia,[66] e proseguire i successi nella stagione successiva, con la vittoria della seconda Supercoppa italiana.[67]
Sulla panchina azzurra giunse dunque Maurizio Sarri,[68] che nel 2015-2016 rese il Napoli campione d'inverno (non succedeva dalla stagione 1989-1990[69]), pur non riuscendo a vincere lo scudetto, battuto solo dalla Juventus.[70] Gli azzurri si mantennero stabilmente ai vertici, ottenendo il terzo posto nel 2016-2017,[71] e l'anno successivo laureandosi nuovamente campione d'inverno,[72] ma anche stavolta la vittoria del titolo andò nuovamente ai bianconeri;[73] al Napoli non bastò totalizzare 91 punti, quota record per una squadra arrivata seconda.[74] Nel 2020, con Gennaro Gattuso in panchina, gli azzurri conquistarono la sesta Coppa Italia della loro storia, superando la Juventus ai calci di rigore. La stagione successiva, complice una serie di giocatori indisponibili per infortuni e positività al COVID-19 tra dicembre e febbraio, si rivela essere molto complessa per la squadra di Gattuso, che termina quinta, con la Champions a solo un punto di distanza.
Nella stagione 2021-22, Luciano Spalletti viene ingaggiato come allenatore del Napoli: la stagione in Serie A inizia in maniera ottimale, con otto vittorie in altrettante giornate, tra cui un 2-1 in rimonta contro la Juventus e due 4-0 consecutivi contro l'Udinese e la Sampdoria; viene così eguagliata la migliore partenza della loro storia di quattro anni prima, sotto la gestione Sarri. Il club partenopeo fatica però a mantenere il passo con Inter e Milan, e alla fine giunge al terzo posto, sufficiente comunque per la Champions League, dietro ai due club di Milano. In Coppa Italia il Napoli crolla invece clamorosamente contro la Fiorentina agli ottavi di finale. In Europa League finisce secondo nel suo girone dietro allo Spartak Mosca, ed è costretto a disputare gli spareggi della fase a eliminazione diretta, dove soccombe contro il Barcellona.