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Acides nucléiques - Coggle Diagram

- - - - ADN
        
        noy
        
        chloroplaste
        
        mitochondrie
      - ARN
        
        ribosome
        
        nucléole
        
        cytoplasme (ARNm)
    - - ADN : nucléoïde
      - ARN génomique
  - - - génomique
      - plasmidique (bact)
    - - génomique : virus
      - r ribosomique (sauf virus)
      - t transfert
      - SNARN épissage (eucaryote)
      - SnoARN méthylat° (eucaryote)
      - SiARN défense anti-virale (sauf eucaryote)
      - MiARN : régulat° express° gènes (eucaryote)
      - ribonucléase P : maturat° ARNt (tous sauf virus)
- - - - ARN = désoxy-ribonucléosides = pentose (bêta-2'-désoxy-D-ribose) + base azotée (pyrimidine)
      - ADN = ribonucléoside = pentose (bêta-d-ribose) + base azotée (pyrimidine)
      - nucléotide (3 mol) = nucléoside + acide phosphorique (phosphate)
        
        acide phosphorique = triacide = 3 liaisons ester (COO)
    - - purine
        
        rajout pentagone : sens horaire
        
        changemt sens numérotat° ds hexagone : commence par le + ht = sens anti-horaire
        
        amine (NH) en 9 : N faisant liaison bêta-glycosidique
      - adénine
        
        1 seule substitut° : NH2 en 6-amino-purine
      - guanine
        
        grpmts substitués = carbonyle et amino
        
        s'apparie avc cytosine
        
        substitut° inverse de la cytosine
      - pyrimidine
        
        azote trivalent = 3 liaisons
        
        C tétravalent = 4 liaisons
        
        N1 doit ê amino (NH) pr faire liaison bêta-glycosidique
      - sur base pyrimidine
        
        uracile
        
        2 carbonyles (2 et 4)
        
        thymine
        
        = 5-méthyl-uracile
        
        méthyl = CH3
        
        5 liaisons autour cycle pyrimidine
        
        cytosine
        
        1 carbonyle (=O) et 1 amino (NH2)
    - - adénosine-5'-diphosphate : P-P-Ribose-Adénine = ADP
      - phosphate s'apparie les 1 aux autres par O
      - adénosine-5'-monophosphate : Phosphate-Ribose-Adénine
      - adénosine-5'-triphosphate : P-P-P-Ribose-Adénine = ATP
      - phosphate pas forcémt fixé à 5' peut se fixer à 3' ou 2'
    - - m^ principe pr chq base ex : ADN et ARN avc adénine
  - - - loi de Beer-Lambert : quantité lum rentrée + grde que quantité lum sortie -> quantité lum absorbée par mol présente ds cuve = Absorbance
        
        Absorbance proportionnelle à concentrat° de mol ds solut° présente ds cuve
        
        260 nm pr acides nucléiques
        
        280 nm pr prot
- - - - <50 = oligonucléotides
      - sup à 50 : polynucléotides
      - sens lecture 5' -> 3'
      - liaison phosphodiester = liaison entre 2 nucléotides
    - - face Watson-Crick pr reconnaissance complémentarité nucléotides
        
        étapes
        
        le 1er tourné de 180° = mis ds autre sens
        
        donneur donne H à accepteur
        
        indiqué côté où situé accepteur et donneur
        
        selon principe : AT et CG complémentaires
      - tj N1(accepteur) - H- N3(donneur)
      - ou sinon tourner chacun de 30°
        
        1er sens horaire : 5' -> 3'
        
        2ème sens antihoraire : 3' <- 5'
        
        ADN : tj anti-//
      - U peut faire liaison avc G
        
        en décalant U vers le ht pr que dernier grpemt soit au niveau du celui du milieu de G
        
        U : 2 accepteur et 1 donneur comme C ms pas m^ posit°
      - A/T = 1 et G/C = 1 -> (A+T)/(G+C) = 1
        
        ms pr rapport asymétrie : rapport pas = 1 -> caractéristique pr chq orga
        
        AT = 2 liaisons
        
        GC = 3 liaisons
        
        plus il y a GC + structure bicaténaire ADN stable
        
        OV vivant à hte T° : % élevé GC imp
      - pr décoder GCC : il faut CCG (anticodon)
    - - liaison phy non covalente
      - nécessite donneur de liaison H et un accepteur
        
        donneur : N, O, F, porteur atome H
        
        accepteur : uniquemt N, O ou F porteur doublets libres
      - pr établissemt paires de bases
        
        accepteur
        
        carbonyle : -C- = O
        
        immino : =N-
        
        donneur
        
        amino
        
        H-N-H
        
        H-N-
  - - - sillon mineur - écarté que sillon majeur
    - - simple brin
      - hélice (comme ADN)
      - bulge = nucléotide pas appareiller
        
        change config : n'est plus linéaire
      - boucle interne = esb pb ARN non appariés encadrés par 2 "tiges"
        
        m^ principe que bulge ms des 2 côtés
      - tête d'épingle/structure tige-boucle
      - plus nbr pb élevée + ARN stable
      - ARNt = enz renversée
- - - - ADN superenroulé -> img vieux téléphone
  - - - rajout prot histone (basique)
- - - - hydrolyse ADN en faisant coupure int
        
        on va couper prot exo
      - sont là pr protéger bact les produisant vs entrée ds C ADN exo
      - coupure cohésive = pas liaison phosphodiester entre les 2
        
        libère extrémités cohésives où méthylat° (CH3) pr protect° ADN propre
    - - digest° récurrente
  - - - déprotonat° grp 2' -OH = proton H+ va ê retirée d'1 mol, formant sa base conjugée
      - facilite attaque nucléophile du noy P proche
        
        = affinité avc noy où elle partage 1 ou pls e-
      - clivage chaîne ARN
        
        format° cycle phosphate lié aux C2' et C3'
      - hydrolyse par H2O
        
        casse liaison entre base azotée et acide phosphorique soit à 2' soit à 3'
  - - - ds dble hélices : bases + empilées = diminut° absorpt° ds UV
      - qd chauffe ADN : séparat° brins = bases + exposées et densité optique à 260 nm augmente
        
        hyperchromicité ou effet hyperchome qui est dû à séparat° des 2 brins = fus° = rupture liaisons pb
        
        fus° = obtenir simple brin
        
        hyperchrome = absorpt° ds UV augmente lorsque subit dénaturat° = perte strucutre 2ndr
        
        absorption dans l'UV augmenter lorsqu'ils subissent une dénaturation, c'est-à-dire une perte de leur structure secondaire
        
        rompre liaisons H pr passer dble à simple brin : augmente T°
    - - si on abaisse brutalemt T° d'1 solut° ADN dble brin dénaturée par chauffage : ADN restera sous forme simple brin
      - si abaisse graduellemt T° solut° ADN dble brin dénaturée par chauffage : 2 brins ADN simple brins se réassocient par complémentarité de base = hybridat°
    - - liaisons H
        
        3 entre G et C
        
        plus taux GC élevé : + T° fus° élevée
        
        entre A et T
  - - - acide nucléiques ts chargés négativemt à pH basique = polyanions
      - purifier (séparer) sur colonne échange anions (négatif)
        
        billes recouvertes charges + vont retenir charges - comme acides nucléiques
    - - acides nucléiques migrent vers électrons chargé + (anonde)
      - ds gel (assimilé à réseau mailles) : sépare acides nucléiques selon taille
      - dépend charge et taille : nbr charge proportionnel à taille -> juste taille imp
        
        lg mol migreront - loin que ptte
        
        plus grdes au sommet gel (coté cathode -)
        
        plus petites au bas gel (anode)
      - chaîne acrylamide portées par bisacrylamide
        
        porosité gel dépend quantité acrylamide : bisacrylamide/acrylamide
      - 2 condit° peuvent ê utilisées
        
        en condit° natives
        
        en condit° dissociantes (+ urée = rompt liaisons H)
        
        urée = meilleur agt chim pr dénaturer
        
        accepteur et donneur en m^ tps
- - - - = 2 ou pls gènes forment opéron lorsqu'ils sont sous dépendance du m^ promoteur -> transcrit sous forme d'1 transcrit unique portant les 2 (ou pls) phases codantes
  - - - 1 des étapes de maturat° = épissage introns
  - - - origine de réplicat°
      - gène de sélect°
      - cassette de clonage
    - - sites de restrict° = palindrome
        
        se lit indifféremmt de gauche à droite ou droite à gauche en gardant m^ sens