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BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL) - Coggle Diagram
BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL)
ETAPAS ALGORITMO
Listado de "palabras" con puntuaciónmayor aa umbral (T) según matriz de sustitución.
Escaneo de palabras en BBDD / Unir parejas de palabras cercanas (HDP: High storing pairáramos)
Extensión de HSP hasta umbral con puntuación definido
ESTADISTICO DE VERACIDAD
EXPECTED VALUE (E)
menor a 0,001: resultado de buena calidad
Depende de tamaño de BD y de longitud de secuencia query (mayor E)
Nº de alineamientos al azar con esa puntuación
FAMILIAS
BLASTP
proteínas
BLASTN
nucleótidos
BLASTX
nt query a proteína
6 posibilidades (2 sentidos / 3 marcos lectura)
el ADN se corresponde con alguna proteína?
tBLASTx
query y subject traducidos a proteínas
para detección de nuevos genes codificares
Alto coste computacional / tiempo
tBLASTn
aparece una proteina en otras especies?
subject de nucleotides a proteínas
reducir resultados
limitar organismos
ajuste parametros (matriz, E, etc...)
usar BD refseq (evitar redundancias)
limitar porción secuencia
incrementar resultados
cambiar matrices PAM mayores o BLOSOM menores
aumentar umbral de E
añadir BBDD
ENTRADA: QUERY / SALIDA: SUBJECT