Os terminais (A, B, C, D) representam as entidades de estudo (um indivíduo, populações ou espécies inteiras). As linhas que saem dos terminais representam os ramos. Os ramos podem conectar um terminal à outro por um nó ou um nó à outro mais abaixo.
Os nós representam ancestrais hipotéticos. Um fóssil, quando encontrado, é um elemento conhecido na análise. Será representado por um terminal na convenção de estudos filogenéticos (ex: C+). A ordem de ramificação representa o momento de isolamento das linhagens, umas em relação às outras. Na raiz está representado o evento evolutivo mais antigo, e os terminais representam eventos recentes.