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01-04-23-BIOINFO-LINUX, COMANDOS BÁSICOS, REVISÃO DE COMANDOS LINUX 2-9…

- - - - Comando para conectar a máquina a um servidor.
        
        É necessário:
        
        IP
        
        Porta (22 é a porta padrão para SSH - secure shell)
        
        ssh usuario@ipdoservidor
        
        Pode ser necessário usar um argumento com uma chave para entrar no servidor.
        
        a porta pode ser mudada, então pode ser necessário especificar a porta no argumento
  - - - É a interface com usuário. Linha de comando.
    - - Tudo é PID - Arquivos com dados
    - - É o Sistema Operacional
        
        A raiz do linux é encontrada pelo comando "/" onde contém todas as pastas do pc
        
        A partir dela surge ramos, formando uma árvore.
  - - - É possível instalar via arquivo putt
    - - comando
        
        palavra que vai gerar uma ação (aciona um programa)
      - opções
        
        são parâmetros para especificar o comando
      - argumento
        
        É o arquivo passado para o comando
      - prompt
      - output
        
        É o resultado do comando
      - pipeline
        
        Conjunto de comandos
        
        Um resultado do comando é o input para o próximo arquivo
- - - - Usa o output de um comando e transforma em um arquivo
- - - - pesquisa tudo que tem ROS no nome
- - - - -x
        
        remove compactação
      - -f
        
        especifica que o que deve ser descompactado é arquivo
      - -v
        
        mostra o que ele está fazendo
- - - - Idêntico à cd ~
    - - retorna para a pasta anterior
      - pode combinar vários ../../ para retornar mais de uma instância da arvore
- - - - descompacta um arquivo gz
- - - - Usado para ler linhas
- - - - BED - arquivo com 3 colunas, no mínimo:
        
        Posição cromossômica
        
        Posição de start
        
        Posição end
        
        .# ABRINDO ARQUIVOS
        file = open('fake.fasta', '-r')-#atribuindo para modo leitura
        .#Para abrir o arquivo é necessário fazer uma iteração com o comando for, lendo linha por linha
        for linha in file:
        print(linha)
        -#é obrigatório fechar o arquivo ao final
        file.close()
        
        with open ('fake.fasta', 'r') as file:
        
        não precisa fechar. Esse é melhor para dia a dia
        
        Escrevendo um arquivo:
        
        file_output = open('teste.txt','w')
        
        var1 = 'afetado'
        
        var2 = 'Priscila'
        
        file_output.write(f'O(a) paciente {var2} encontra-se: {var2}')
        
        file_output.close()
        
        Obrigatório fechar o arquivo
    - - Abrir arquivo usa:
        -r (modo leitura)
        
        w (modo escrita)
        open #Abre o arquivo
        with open #usado para fechar o arquivo
        
        também pode ser usado o "a", que significa que irá abrir um arquivo no modo leitura, mas com a possibilidade de fazer adições aos arquivos,
      - \t e \d são regex (regular expressions) para assinalar durante a edição de um texto que se deve pular linha, escrever numa nova linha.
- - - - Usado para chamar a biblioteca sys
      - sys.argv
        
        Usado para imputar arquivos ou argumentos em um pipeline de fora dele, ou seja, usando a linha de comando do terminal
      - 0 - nome do script , 1arquivo
      - python3 teste.py csv1 csv2
        
        dentro do programa, uma lista recebe os valores desses argumentos como:
        
        sys.argv[0] : nome do arquivo
        
        sys.argv[1]: csv1
        
        sys.argv[2]: csv2
    - - pega todos os arquivos de um caminho
      - glob.glob('*')
        
        pega todos os arquivos
        
        glob.glob("*",recursive=True)
        
        função para pegar vários arquivos de uma única vez
    - - pip install nome_da_biblioteca
    - - parceamento de fasta
        
        basta seguir a documentação da biblioteca
        
        É util para avaliar fastas pois há comandos que concatenam todas as linhas das sequencias de ntd.
      - ATALHOS VIM
        
        i - insert
        esc - sai da tela insert
        :wq (salvar e sair)
        :q! (forçar o sair sem salvar)
- - - - Aceita qualquer tipo de dado em seu interior (str,flt,int,bool, dicionários, outras listas...)
      - Declarada como v = list() ou v = []
      - São modificáveis (mutável). Por isso, gastam mais memória.
      - Comando para modificar:
        
        Adição na lista:
        append() - coloca variável no fim da lista
        insert() - coloca variável em uma posição específica.
      - A posição é de base 0.
        Elemento 1 é contado como index 0, ou posição 0.
        
        Printando posição: Para printar o elemento basta declarar a variável, entre colchetes a posição desejada minha_lista[0] #retorna o primeiro elemento da lista
      - Lendo uma lista
        
        len(minha_lista) #retorna o número de elementos da lista
        
        minha_lista[0] #retorna a primeira posição da lista
        
        minha_lista[0:4]
        
        .#lê segmentos da lista, ao usar dois pontos
        
        Só lê da direita para esquerda.
        
        Para ler o final da lista: declarar o elemento desejado na posição decrescente e seguido de - ex: lista[-4:] mostra os quatro últimos elementos até o final.
        
        minha_lista.função
        
        . #ponto na frente da lista abre uma lista de funções da lista.
        dir(minha_lista) mostra no terminal conteúdo daquela lsita
        
        .append
        
        Adiciona elemento à ultima posição da lista
        
        .insert(1,"elemento_para_inserir)
        
        .#Insere elemento numa posição específica.
        
        .pop(posição)
        
        .#Remove elemento da lista, e a mantém na área de transferência (tipo recortar).
        
        .remove("nome" )
        
        .#Remove elementos declarados na lista usando o NOME
        
        .del minha_lista[posição]
        
        .#Remove uma posição específica da lista
        
        STRINGS
        
        As strings se comportam como listas
        
        minha_string[0:5]
        
        mostra as quatro primeiras "letras" da string, é a substring (slicing).
        
        basta usar a string + delimitador entre colchetes
        
        minha_string.split("espaçador")
        
        corta uma string usando um delimitador e transforma tudo entre esse delimitador numa lista.
    - - São mutáveis, não tem ordenação (nem posição - index)
      - Possui CHAVES lincados a VALORES
      - Estrutura:
        Chave - inteiros ou strings em " aspas "
        dois pontos
        Valor -
        Virgula -separa uma estrutura da outra
      - manipulando dicionários
        
        meu_dic["A"]
        
        .#retorna o valor da chave A
        
        meu_dic.keys
        
        .#retorna apenas as chaves
        
        meu_dic.values
        
        .#retorna apenas os valores
        
        meu.dic.items
        
        .#retorna tanto chaves, quanto valores
        
        .pop(chave)
        
        .Usa chave para remover o valor do dicionário, e retorna o valor removido.
        
        del dict_bases ["A"]
        
        .# Usa a chave para remover o valor do dicionário, não retorna nada.
        
        dict_bases['A'][valordalista]
        
        Acessa pontualmente o valor de um dicionário
      - dic = { "A": "adenina", }
- - - - Ele autoincrementa após cada iteração nos elementos do conjunto
      - range
        
        função com 3 argumentos
        
        início do conjunto ex: 31 (É incluso, sempre aparece)
        
        com final do conjunto ex: 100 (mas é excluso, o último elemento não é considerado)
        
        espaçador: ex:2 (vai pular os números
        A PRIMEIRA POSIÇÃO É CONTADA COMO ZERO
        
        PYTHON É UM PROGRAMAÇÃO DE BASE ZERO
  - - - INCREMENTAÇÃO: var +1 OU var += 1 (variável aumenta 1)
- - - - para quando nada for satisfeito
    - - "!=" significa que não é igual, que é diferente de
    - - Ao fim da condicional precisa ter dois pontos ":"
      - A linha abaixo de uma condicional tem um espaçamento (indentação)
    - - and
      - or
      - not
  - - - STRINGS (str)
        
        Palavras com aspas
      - BOOLEANOS (bool)
        
        verdadeiro ou falso
      - FLOAT (float)
        
        números com decimais
      - ETC
        
        há infinitos formatos.
      - INTEIRO (int)
        
        número sem decimal
      - as vezes precisamos converter, só colocar str, int, float, bool próximo da variável str(a)
    - - Não começar com números
        
        Não usar espaços nos nomes
        
        Não usar palavras reservadas
        
        sensível a maiúsculo ou minúsculo
  - - - EXPONENCIAÇÃO
    - - função útil para definir os espaçadores
  - - - print(f"string - {var}"
        
        o f vai antes da declaração da string e a variável fica dentro das chaves
      - print("string - {}".format(var))
        
        dentro da chave vai a variável, para cada variável
      - print("string", var)
        
        mostra palavras lado a lado
      - print("string" + var)
        
        é concatenação de palavras, só vale para str
      - print("string")