Los historiadores coinciden que la falta de salubridad y las pésimas condiciones de vida fueron desatando la muerte de los nativos siendo las víctimas. Estas epidemias afectaron a los indios, esclavos negros, mestizos, criollos y los propios españoles. Además, desastres naturales como terremotos y la corriente del Niño, que sucedió en 1720, provocaron epidemias que mataron a decenas de miles.
