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Matrices de sustitución/puntuación de aminoácidos - Coggle Diagram
Matrices de sustitución/puntuación de aminoácidos
Basadas en experimentación con alineamientos de secuencias conocidas
Razón de verosimilitud (odd-ratio)
log odd-ratio > 1
Cambios referentes/favorecidos
log odd-ratio < 1
Cambios no favorecidos
Probabilidad de que un aminoácido cambie a otro, frente a que lo haga al azar
PAM (Point Accepted Mutations)
Log Odd en base 10
Mejor para globales
El nombre de la matriz hace referencia al % de mutaciones en las secuencias
PAM 1 = 1% de los aas cambian
PAM 250 para secuencias muy divergentes y PAM 30 para secuencias parecidas
Creada por DayHoff
BLOSUM (Block Substitution Matrices)
Mejor alineamientos locales
Log odd en base 2
Nombre de la matriz hace referencia al % de identidad de las secuencias
Para divergentes BLosum 45 y para secuencias parecidas Blosum 90
Blosum 62 es la que se usa por defecto