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MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS
BASADAS EN EXPERIMENTACIÓN
CON ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS CONOCIDAS
RAZÓN DE PROBABILIDAD O DE VEROSIMILITUD (odd-ratio)
log odd-ratio < 1
CAMBIOS NO FAVORECIDOS (POSIBLES ENFERMEDADES PATOLÓGICAS)
log odd-ratio > 1
CAMBIOS PREFERENTES (FAVORECIDOS)
DEFINICIÓN
Probabilidad de que cambie un aminoácido a otro frente a que lo haga al azar
PAM (Point Accepted Mutation)
MEJOR PARA A.GLOBALES
CREADA POR DAYHOFF
LOG ODD EN BASE 10
NOMBRE DE LA MATRIZ: Hace referencia al tanto por ciento de mutaciones en las secuencias
PAM250 para secuencias DIVERGENTES PAM30 para secuencias PARECIDAS
BLOSUM (Block Substitution Matrices)
LOG ODD EN BASE 2
MEJOR PARA LOCALES
NOMBRE MATRIZ: Hace referencia al % de identidad de las secuencias
DIVERGENTES: BLOSUM45 PARECIDAS: BLOSUM90
BLOSUM62 SE USA POR DEFECTO EN MUCHOS PROGRAMAS