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MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS
BASADAS EN EXPERIMENTACIÓN
CON ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS CONOCIDAS
RAZÓN DE VEROSIMILITUD (odd-ratio)
log odd-ratio > 1
CAMBIOS PREFERENTES
log odd-ratio < 1
CAMBIOS NO FAVORECIDOS
PROBABILIDAD DE QUE UN AA CAMBIE A OTRO FRENTE A QUE LO HAGA AL AZAR
PAM (POINT ACCEPTED MUTATIONS)
MEJOR PARA GLOGALES
CREADA POR DAYHOFF
LOG ODD EN BASE 10
NOMBRE DE LA MATRIZ HACE REFERENCIA AL % DE MUTACIONES EN LAS SECUENCIAS
PAM250 PARA SECUENCIAS DIVERGENTES / PAM30 PARA SECUENCIAS PARECIDAS
BLOSUM (BLOCK SUBSTITUTION MATRICES)
MEJOR PARA LOCALES
LOG ODD EN BASE 2
NOMBRE MATRIZ HACE REFERENCIA AL % DE IDENTIDAD DE LAS SECUENCIAS
PARA DIVERGENTES BLOSUM45 Y PARA PARECIDAS BLOSUM90
BLOSUM62 SE USA POR DEFECTO EN MUCHOS PROGRAMAS