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MATRICES DE SUSTITUCION/PUNTUACIÓN DE AMINOACIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE SUSTITUCION/PUNTUACIÓN DE AMINOACIDOS
BASADAS EN LA EXPERIMENTACIÓN
CON ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS CONOCIDAS
RAZON DE VEROSIMILITUD (odd-ratio)
log odd-ratio < 1
CAMBIO NO FAVORECIDOS
log odd-ratio > 1
CAMBIOS PREFERENTES
PROBABILIDAD DE QUE UN AA CAMBIE A OTRO FRENTE A QUE LO HAGA AL AZAR
PAM (POINT ACCEPTED MUTATION
CREADA POR DAYHOFF
LOG ODD EN BASE 10
MEJOR PARA GLOBALES
NOMBRE DE LA MATRIZ HACE REFERENCIA AL % DE MUTACIONES EN LAS SECUENCIAS
PAM250 PARA SECUENCIAS DIVERGENTES/PAM30 PARA SECUENCIAS PARECIDAS
BLOSUM (BLOCK SUBSTITUTION MATRICES)
MEJOR PARA LOCALES
LOG ODD EN BASE 2
NOMBRE MATRIZ HACE REFERENCIA AL % DE IDENTIDAD DE LAS SECUENCIAS
PARA DIVERGENTES BLOSUM 45/ SECUENCIAS PARECIDAS BLOSUM 90
BLOSUM 62 SE USA POR DEFECTOS EN MUCHOS PROGRAMAS