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Matrices de sustitución / puntuación de aminoácidos - Coggle Diagram
Matrices de sustitución / puntuación de aminoácidos
Basadas en experimentación
Con alineamientos de secuencias conocidas
Razón de verosimilitud (odd-ratio)
log odd-ratio
>
1
Cambios preferentes
log odd-ratio
<
1
Cambios no favorecidos
Probabilidad de que un aminoácido cambie a otro frente a que lo haga al azar
PAM (Point Accepted Mutations)
Mejor para alineamientos globales
Creada por Dayhoff
Log odd en base 10
El nombre de la matriz hace referencia al tanto porciento de mutaciones en las secuencias
PAM250 para secuencias divergentes / PAM30 para secuencias parecidas
Blosum (Block Substitution Matrices)
Mejor para alineamientos locales
Log odd en base 2
Nombre matriz hace referencia al % de identidad de las secuencias
Para divergentes Blosum45 / Para parecidas Blosum90
Blosum62 se usa por defecto en muchos programas