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MATRICES DE SUSTITUCION /PUNTUACION DE AMINOACIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE
SUSTITUCION /PUNTUACION DE AMINOACIDOS
BASADAS EN EXPERIMENTACION
CON ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS CONOCIDAS
RAZONES DE VEROSIMILITUD (ODD-RATIO)
log odd ratio < 1
CAMBIOS NO FAVORECIDOS
log odd ratio > 1
CAMBIOS PREFERENTES
PROBABILIDAD DE QUE UN AA CAMBIE A OTRO FRENTE A QUE LO HAGA AL AZAR
PAM (POINT ACCEPTED MUTATIONS)
MEJOR PARA GLOBALES
CREADA POR DAYHOFF
LOG ODD EN BASE 10
NOMBRE DE LA ,ATRIZ HACE REFERENCIA AL % DE MUTACIONES EN LAS SECUENCIAS
PAM 250, PARA SECUENCIAS DIVERGENTES / PAM30 PARA SECUENCAS PARECIDAS
BLOSUM (BLOCK SUBSTITUTION MATRICES)
MEJOR PARA LOCALES
LOG ODD EN BASE 2
NOMBRE MATRIZ HACE REFERENCIA AL % DE IDENTIDAD DE LAS SECUENCIAS
PARA DIVERGENTES BLOSUM 45 Y PARA SECUENCIAS PARECIDAS BLOSUM 90
BLOSUM 62 SE USA POR DEFECTO EN MUCHOS PROGRAMAS