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TEST GENETICI - Coggle Diagram
TEST GENETICI
TIPOLOGIA
DIAGNOSTICI
- Bambino sintomatico
- Conferma molecolare della diagnosi
PRECLINICI
- Bambino asintomatico
- Per ricercare alterazioni genetiche associate a patologia che si manifesta in età più avanzate
PREDITTIVI
- Individuare genotipo che rende suscettibili allo sviluppo di una malattia.
SCREENING
Per diagnosi, prevenzione primaria e secondaria.
STUDIO DELLA VARIABILITA' GENETICA INDIVIDUALE
Analisi di linkage per diagnosi, consanguineità o medicina legale.
TEST FARMACOGENETICI
Per individuare tollerabilità e rischio di sviluppare un evento avverso ad un certo farmaco. Es. alcuni individui con alterazioni citocromiche hanno probabilità maggiore di avere un incorreto metabolismo dei farmaci.
QUALI PROPORRE
ANALISI CROMOSOMICA
CARIOTIPO STANDARD
- Non necessario sospetto clinico specifico
- Su cc in coltura (linfociti periferici, amniociti, fibroblasti cutanei), non è possibile congelare il campione.
- Valuta anomalie di numero e di struttura bilanciate (traslocazioni ed inversioni) o meno (perdite ed acquisizioni)
FISH
- Utilizzo di una sonda che si andrà a legare ad una regione ad essa omologa.
- Su sospetto clinico specifico
- Il campione non deve essere congelato!
SU CROMOSOMI
- Su cc prelevate e messe in coltura
- Individuazione di un intero cromosoma
SU NUCLEI INTERFASICI
- Direttamente su cc prelevate
-
ANALISI MOLECOLARE
TEST MLPA
- Ipotesi specifica
- Delezioni e duplicazioni
- Ligazione di due sonde e amplificazione: in caso di delezione il quantitativo di amplificato sarà circa il 50% dell'amplificato che mi aspetterei.
TECNICA DI SANGER
- Si amplifica un esone o una regione specifica del gene di cui ho il sospetto possa esserci una mutazione, quindi eseguo il sequenziamento.
CAPIRE SE LA DELEZIONE E LA DUPLICAZIONE SONO CAUSATIVE
Per farlo è necessario il DNA di soggetti sani che si sono sottoposti ad array-CGH, che presentano delezioni e duplicazioni specifiche ma che stanno bene. Se il pz presenta queste mutazioni capiamo che non sono causative della patologia.
5 CLASSI DI MUTAZIONI
- Benigna
- Probabilmente benigna
- Significato incerto
- Probabilmente maligna
- Maligna
CARATTERISTICHE DI MUTAZIONE BENIGNA
- Presenti nei database di controllo e nei familiari non affetti
- Di piccole dimensioni
- In zone ricche di repliconi
- Già riportate come tali in database o in letteratura
CARATTERISTICHE DI MUTAZIONE MALIGNA
- De novo
- Dimensioni maggiori (oltre 2Mbp)
- Contenuto genetico consistente con il fenotipo
- Già riportate in associazione con sindromi di ritardo mentale o deficit dello sviluppo.
DATABASE DA CONSULTARE
- DGV riporta gli individui di controllo
- DECIPHER riporta le alterazioni associate a fenotipo patologico
- SFARI riporta CNVs associati a disturbi dello spettro autistico.
COSA
Test che studiano il DNA, l'RNA, le proteine e certi metaboliti per identificare genotipi ereditabili, mutazioni, fenotipi e cariotipi correlati a malattie.