FAMSA: Fast and accurate multiple sequence alignment of huge protein families
"FAMSA: Fast and accurate multiple sequence alignment of huge protein families - Scientific Reports". Nature. https://www.nature.com/articles/srep33964 (accedido el 20 de marzo de 2023).
FAMSA es un algoritmo diseñado para una alineación rápida y precisa de miles de secuencias de proteínas
Llega a ser superior a los algoritmos de la competencia como Clustal Omega o MAFFT para conjuntos de datos superando unos pocos de miles de secuencias
Para resolver un problema de alineamiento de secuencias múltiples, se necesitan 3 etapas:
Una construcción de árbol guía
Cálculo de un matriz de similitud para secuencias investigadas
Algunos utilizan el cálculo de alineaciones por pares de la mayor probabilidad o precisión máxima esperada
Alineación codiciosa de acuerdo con el orden dado por el árbol
Otros emplean enfoques aproximados
Permite que se alineen miles de secuencias en un periodo de tiempo razonable mejorando la calidad de la alineación y el tiempo de ejecución
MÉTODO
FAMSA consta de 4 etapas:
Determinación de un árbol guía
Cálculo de similitudes por pares
Refinamiento iterativo opcional del perfil final
Fusión progresiva de perfiles según el orden del árbol guía
Utiliza enlace simple porque se puede calcular incrementalmente, es muy rápido, los resultados fueron de calidad superior
Requiere perfil O(k) alineaciones, cada una calculada por medio de programación dinámica. Puede ser simplificado por las variantes especializadas del procedimiento general de DP.
Corrige desalineaciones hechas en las primeras fases de la alineación del perfil.